論文是

Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population

數(shù)據(jù)和代碼的github主頁鏈接

https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP

這個(gè)也是數(shù)據(jù)代碼的下載鏈接，可以看目錄結(jié)構(gòu)

https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic

今天的推文重復(fù)一下論文中的figure1b

image.png

數(shù)據(jù)集

image.png

這里誤差線的范圍是平均值加減標(biāo)準(zhǔn)差，數(shù)據(jù)提前算好，整理到csv文件中

讀取數(shù)據(jù)

library(readr)
dat01<-read_csv("newdataset/MockData_Fig_1B_microbiome_rarefaction_datatable.csv")
head(dat01)

分組折線圖

library(ggplot2)

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+
  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)

image.png

添加誤差線

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+
  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+
  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd, 
                    ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),
                size=1.05, colour="black")

image.png

再疊加一層散點(diǎn)圖

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+
  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+
  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd, 
                    ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),
                size=1.05, colour="black")+
  geom_point(shape=21,size=1.75,fill="white")

image.png

更改坐標(biāo)軸標(biāo)題

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+
  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+
  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd, 
                    ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),
                size=1.05, colour="black")+
  geom_point(shape=21,size=1.75,fill="white")+
  xlab("Number of samples") + ylab("Number of features")

最后是美化調(diào)整細(xì)節(jié)

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+
  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+
  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd, 
                    ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),
                size=1.05, colour="black")+
  geom_point(shape=21,size=1.75,fill="white")+
  xlab("Number of samples") + ylab("Number of features")+
  scale_color_manual(values = c("#56B4E9", "#009E73", "#0072B2", "#D55E00", "#CC79A7", "#E69F00"))+
  theme_bw()+
  theme(text = element_text(size = 17))

image.png

制作封面圖

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+
  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+
  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd, 
                    ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),
                size=1.05, colour="black")+
  geom_point(shape=21,size=1.75,fill="white")+
  xlab("Number of samples") + ylab("Number of features") -> p1

print(p1)

ggplot(data=dat01,aes(x=nr,y=spec.nr.mn,color=Taxon))+
  geom_line(size=1.5,linetype=dat01$linetype)+
  geom_errorbar(aes(ymin=spec.nr.mn-spec.nr.sd, 
                    ymax=spec.nr.mn+spec.nr.sd),
                size=1.05, colour="black")+
  geom_point(shape=21,size=1.75,fill="white")+
  xlab("Number of samples") + ylab("Number of features")+
  scale_color_manual(values = c("#56B4E9", "#009E73", "#0072B2", "#D55E00", "#CC79A7", "#E69F00"))+
  theme_bw()+
  theme(text = element_text(size = 17)) -> p2
print(p2)

library(patchwork)

p1+p2

image.png

今天推文的示例數(shù)據(jù)和代碼可以在公眾號后臺留言20220509獲取

歡迎大家關(guān)注我的公眾號

小明的數(shù)據(jù)分析筆記本

小明的數(shù)據(jù)分析筆記本 公眾號 主要分享：1、R語言和python做數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)可視化的簡單小例子；2、園藝植物相關(guān)轉(zhuǎn)錄組學(xué)、基因組學(xué)、群體遺傳學(xué)文獻(xiàn)閱讀筆記；3、生物信息學(xué)入門學(xué)習(xí)資料及自己的學(xué)習(xí)筆記！