hello，周四了，一周又即將過(guò)去，不知道大家有沒(méi)有感覺(jué)到時(shí)光飛逝，時(shí)間啊，慢些吧，給自己點(diǎn)時(shí)間可以思考。

這一篇教給大家一個(gè)簡(jiǎn)單的內(nèi)容，畫(huà)圖，一張是細(xì)胞類型占比餅圖，一張是細(xì)胞密度空間分布圖，如下圖：

圖片.png

圖片.png

我們首先來(lái)餅圖

library(Seurat)
library(ggplot2)
###讀取數(shù)據(jù),讀入自己的數(shù)據(jù)
Spatial = readRDS(Seurat_spatial_rds)
anno = read.csv(sp_sc_joint,header = T,row.names = 1,check.names = F)###單細(xì)胞空間聯(lián)合分布矩陣

coor = Spatial@images$image@coordinates[,c(5,4)]
meta = rbind(coor,anno)

head(meta)

圖片.png

colnames(meta)[1:2] = c('x','y')
st_meta$x <- (st_meta$x - min(st_meta$x))/(max(st_meta$x) - 
        min(st_meta$x))
st_meta$y <- (st_meta$y - min(st_meta$y))/(max(st_meta$y) - 
        min(st_meta$y))
cellname <- colnames(meta)[-c(1:2)]

col_manual <- ggpubr::get_palette(palette = "lancet", 
            k = length(cellname))####顏色

ggplot2::ggplot() + scatterpie::geom_scatterpie(data = st_meta, 
        ggplot2::aes(x = x, y = y), col = cellname, color = NA, 
        pie_scale = pie_scale) + ggplot2::coord_fixed(ratio = 1) + 
        ggplot2::scale_fill_manual(values = col_manual) + ggplot2::theme_bw() + 
        ggplot2::theme(panel.grid = ggplot2::element_blank()) + 
        ggplot2::labs(x = "scaled_x", y = "scaled_y")

就可以得到細(xì)胞類型分布的餅圖了

圖片.png

然后下一張圖，看某種細(xì)胞類型的空間分布

col_manual <- ggpubr::get_palette(palette = "lancet", 
            k = length(cellname))
        point_color <- col_manual[which(cellname == celltype)]

st_meta <- st_meta[st_meta$celltype == celltype, ]
p <- ggplot2::ggplot(data = st_meta, ggplot2::aes(x, y)) + 
        ggplot2::theme_bw() + ggplot2::theme(panel.grid = ggplot2::element_blank())

p <- p + ggplot2::geom_point(size = point_size, color = point_color)

p <- p + ggplot2::stat_density2d(ggplot2::aes(color = ..level..), 
            size = size)

p + scale_color_gradient(low = color_low, high = color_high)

color_midpoint <- stats::median(st_meta$gene)

p + scale_color_gradient2(low = color_low, mid = color_mid, 
                high = color_high, midpoint = color_midpoint)

print(p)

就拿到了下面的結(jié)果

圖片.png

其中剛開(kāi)始用

p <- p + ggplot2::stat_density2d(ggplot2::aes(fill = ..density..), 
            geom = "raster", contour = F)

就會(huì)得到下面的圖

圖片

你學(xué)會(huì)了么，生活很好，有你更好