Aspera安裝及文件上傳詳細(xì)教程

1.下載IBM Aspera軟件，官方網(wǎng)址：https://www.ibm.com/aspera/connect/

首先安裝拓展，再安裝程序

2.開始安裝 點(diǎn)擊下一步 接受條款，繼續(xù)下一步 選擇典型或者自定義都可以，對(duì)一般使用沒有影響，然后下一步 點(diǎn)擊安裝 等待安裝完成即可 3.安裝已經(jīng)完成，現(xiàn)在需要找到安裝文件夾 默認(rèn)一般為：C:\Users\用戶名\AppData\Local\Programs\Aspera

3.windows+R 搜索打開cmd命令行窗口

4.輸入命令 cd 【該軟件的絕對(duì)位置】

cd C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\IBM\Aspera Connect\bin

5、下載key file到含有ascp的目錄【該軟件的絕對(duì)位置（跟這個(gè)位置一樣）】

6、將上傳的文件放在一個(gè)文件夾里面，并記錄該文件夾的絕對(duì)路徑

7、輸入上傳命令

ascp-i./"aspera.openssh"-QT-l100m-k1-d E:\PBMC_DATA\raw_data subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/zxz1006_gzucm.edu.cn_k7sPagMF

需要修改的地方第一個(gè)是NCBI給你的路徑，數(shù)據(jù)儲(chǔ)存的文件路徑

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上述方法嘗試了下，但是我找不到我的安裝路徑

第二種方法：下載linux版本的aspera

點(diǎn)擊查閱所有安裝

下載不同版本aspera

出現(xiàn)ascp: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.28' not found問題找到兼容的那一版aspera進(jìn)行下載

解壓 tar -xvf ibm-aspera-connect_4.2.0.42_linux.tar.gz

運(yùn)行./ibm-aspera-connect_4.2.0.42_linux.sh

輸入上傳命令ascp-i./"aspera.openssh"-QT-l100m-k1-d E:\PBMC_DATA\raw_data subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/zxz1006_gzucm.edu.cn_k7sPagMF

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aspera下載文件，下載SRA數(shù)據(jù)

# 下載

wget https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/downloads/connect/latest/bin/ibm-aspera-connect_4.2.13.820_linux_x86_64.tar.gz

# 解壓

tar xvf ibm-aspera-connect******.tar.gz?

# 解壓后得到一個(gè)腳本文件，運(yùn)行該腳本，即可完成自動(dòng)安裝

bash ibm-aspera-connect*******.sh

# 所有安裝文件都在~/.aspera/connect目錄下，在 ~/.bashrc添加環(huán)境變量

export PATH=~/.aspera/connect/bin/:$PATH

# 使環(huán)境變量生效

source? ~/.bashrc

ascp? -vQT -l 500m -P33001 -k 1 -i \

~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \

era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR122/079/SRR12207279/SRR12207279_1.fastq.gz? ./

conda 安裝aspera,安裝在某個(gè)環(huán)境內(nèi)

conda install -c hcc aspera-cli

ascp? -vQT -l 500m -P33001 -k 1 -i? 環(huán)境目錄/etc/asperaweb_id_dsa.openssh? era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR122/079/SRR12207279/SRR12207279_1.fastq.gz? ./