SRA公共數據下載

下載安裝SRA Toolkit

網址：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit

#下載
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/version/package_for_your_server.tar.gz
#解壓
tar -zvxf package_for_your_server.tar.gz
#更新環(huán)境變量
vi ~/.bashrc
export PATH='/path/to/sratoolkit/bin:$PATH'
alias prefetch='/path/to/sratoolkit/bin/prefetch' #不然會報錯no such file or directory
source ~/.bashrc

查找數據集ID

一般在文章Methods或者Data Availability部分

建立Accession List

點擊這里方便批量下載

點擊建立全部數據的列表

如果只需要一部分數據也可以自行勾選

分割Accession List

如果數據太多，可以分開成幾個列表同時下載，加快速度

split -l 10 -d SraAccList.txt SraAccList_ #每10行切一刀，前綴SraAccList_，后綴2位數字

得到

SraAccList_00
SraAccList_01
...
SraAccList_21

下載數據

cd path/to/save/files
nohup prefetch --option-file SraAccList.txt --max-size 400G > sra.log 2>&1 &
#默認max-size是20G，如果夠了就不用改
最后編輯于 ：
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