snp數(shù)據(jù)計(jì)算PCA

用GCTA計(jì)算PCA特別郁悶，總是到最后一步報(bào)錯(cuò)：不能處理多個(gè)grm文件，還好plink計(jì)算沒(méi)出問(wèn)題。

cd ../../Users/apple/Documents/work

./vcftools --vcf combine.filter.vcf --plink --out test? 生成兩個(gè)后綴文件test.ped、test.map

./plink --noweb --file test --make-bed --out test? 3個(gè)后綴文件test.bed、test.bim 、test.fam

./plink --bfile test --pca 5 --out pca__map? ? 前五個(gè)主成分


然后就生成了特征值和特征向量。


有的時(shí)候會(huì)報(bào)錯(cuò)：Could not open temporary file.

搜了一些資料，找到了解決辦法./plink --noweb --tfile test --make-bed --out test

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