自2024年8月起，core_nt將成為默認(rèn)選項(xiàng)
如果您對(duì)更快的核苷酸BLAST搜索以及更聚焦的搜索結(jié)果感興趣，正如先前公告的那樣，NCBI一直在重新評(píng)估BLAST核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù)（nt），以使其更加緊湊和高效。感謝您的反饋，NCBI的BLAST團(tuán)隊(duì)很高興推出核心核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù)（core_nt），它是默認(rèn)nt數(shù)據(jù)庫(kù)的替代方案，包含更明確的內(nèi)容，且數(shù)據(jù)庫(kù)大小不到原先的一半。
BLAST core_nt相較于nt的優(yōu)勢(shì)
- 啟用更快的搜索
- 對(duì)大多數(shù)搜索返回類(lèi)似的最佳結(jié)果
- 為某些高度代表性的有機(jī)體減少冗余
- 更易于下載，并且所需存儲(chǔ)空間更少，適用于獨(dú)立運(yùn)行BLAST
什么是core_nt？
core_nt包含與nt相同的真核轉(zhuǎn)錄本和基因相關(guān)序列，但不包括大多數(shù)真核染色體序列。使用core_nt進(jìn)行核苷酸BLAST搜索與nt數(shù)據(jù)庫(kù)類(lèi)似，但core_nt更適合常見(jiàn)的BLAST搜索目標(biāo)，如識(shí)別基因相關(guān)序列（如轉(zhuǎn)錄本和完整的細(xì)菌染色體）。近年來(lái)，nt數(shù)據(jù)庫(kù)包含了更多低相關(guān)性、未注釋和非基因內(nèi)容。
示例：
圖片顯示了使用果蠅rosy基因轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行BLAST搜索時(shí)core_nt與nt結(jié)果的比較。
如果您感興趣對(duì)包括全長(zhǎng)染色體在內(nèi)的真核基因組組裝進(jìn)行搜索，建議使用RefSeq參考基因組數(shù)據(jù)庫(kù)（在BLAST數(shù)據(jù)庫(kù)列表中可用）或NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中的單個(gè)組裝文件。基因組集還可以通過(guò)WGS或微生物BLAST數(shù)據(jù)庫(kù)選項(xiàng)進(jìn)行搜索。
試用一下！
使用我們新的BLAST core_nt數(shù)據(jù)庫(kù)并告訴我們您的想法。您可以通過(guò)BLAST網(wǎng)頁(yè)底部的黃色反饋按鈕提供反饋。
請(qǐng)注意：2024年8月起，新的BLAST core_nt數(shù)據(jù)庫(kù)將成為默認(rèn)選項(xiàng)，原nt數(shù)據(jù)庫(kù)仍將可用。
保持更新
BLAST是NIH比較基因組資源（CGR）的一部分。CGR通過(guò)NCBI工具包和社區(qū)合作，促進(jìn)所有真核生物的可靠比較基因組分析。通過(guò)@NCBI社交媒體保持最新動(dòng)態(tài)。
有問(wèn)題？
如有疑問(wèn)或想提供反饋，請(qǐng)通過(guò)info@ncbi.nlm.nih.gov聯(lián)系他們。
https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2024/07/18/new-blast-core-nucleotide-database/
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