天才是用勞動換來的?！谥?/p>

1. if條件語句

1. 基礎(chǔ)語法

#if(一個邏輯值，不可以是多個邏輯值組成的向量){代碼} #TRUE就運行，F(xiàn)ALSE就不運行
# if(F){...}  則{}里的代碼被跳過；
# if(T){...}  則{}里的代碼被運行。

• {}的代碼，可以被折疊
• 代碼習(xí)慣：全選運行
• source() 在不打開腳本的情況下直接運行腳本

2. if…else…

#1\. if...else...
I =1
if (i>0){
  print('+')
} else {
  print("-")
}

## [1] "+"

#2\. ifelse(x, yes, no)
# x: 邏輯值或者邏輯值向量
# yes: 邏輯值為TRUE時的返回值
# no: 邏輯值為FALSE時的返回值
i = 1
ifelse(i>0,"+","-")

## [1] "+"

x = rnorm(3)
x

## [1] -0.5026486  1.0311586  1.0098103

ifelse(x>0,"+","-")

## [1] "-" "+" "+"

3. ifelse()+str_detect()

library(stringr)
samples = c("tumor1","tumor2","tumor3","normal1","normal2","normal3")
k1 = str_detect(samples,"tumor");k1

## [1]  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE FALSE

ifelse(k1,"tumor","normal")

## [1] "tumor"  "tumor"  "tumor"  "normal" "normal" "normal"

k2 = str_detect(samples,"normal");k2

## [1] FALSE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE

ifelse(k2,"normal","tumor")

## [1] "tumor"  "tumor"  "tumor"  "normal" "normal" "normal"

4. 多個條件

i = 0
if (i>0){
  print('+')
} else if (i==0) {
  print('0')
} else if (i< 0){
  print('-')
}

## [1] "0"

ifelse(i>0,"+",ifelse(i<0,"-","0"))

## [1] "0"

2. 長腳本管理方式

分成多個腳本，每個腳本最后保存Rdata，下一個腳本開頭清空再加載

#上一個腳本
#save(pd,exp,gpl,file="step1output.Rdata")
#下一個腳本
rm(list = ls())
#load(file = "step1output.Rdata") 不需要重復(fù)運行限速步驟，推薦用Rdata保存數(shù)據(jù)

3. 項目的組織方式

1. 在同一個工作目錄下

• 工作目錄的下一級文件夾

#當(dāng)工作目錄中存在子文件夾，比如名為xiaokaixin的文件夾，打開里面的soft文件
#read.csv("xiaokaixin/soft.csv")
#同樣地，也可以在子文件夾保存文件
#save(x,file="xiaokaixin/x.Rdata")

• 工作目錄的上一級文件夾

#load(../xx/xx.Rdata) "../"上一級
#load(../../xx/xx.Rdata) 上上級

4. 條件語句case_when

library(dplyr)

## 
## Attaching package: 'dplyr'

## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag

## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

i = 0
case_when(i > 0 ~ "+",
          i < 0 ~ "-",
          T     ~ "0")

## [1] "0"

?ggpubr::stat_compare_means

補充： ns: p > 0.05 *: p <= 0.05 **: p <= 0.01 ***: p <= 0.001 ****: p <= 0.0001

5. for循環(huán)

對x里的每個元素i進(jìn)行同一操作，根據(jù)x的元素個數(shù)決定循環(huán)次數(shù)

for( i in 1:4){
  print(i)
}

## [1] 1
## [1] 2
## [1] 3
## [1] 4

#批量畫圖
par(mfrow = c(2,2)) #切分畫板，兩行兩列
for(i in 1:4){
  plot(iris[,i],col = iris[,5]) #col = iris[,5]，決定顏色
}

#批量裝包
pks = c("tidyr","dplyr","stringr")
for(g in pks){  #x，這里是pks需要提前定義，g或者i不需要提前定義
  if(!require(g,character.only = T)) #循環(huán)時需要加上character.only = T
    install.packages(g,ask = F,update = F) #循環(huán)時不要提問和更新
}

代碼來源于生信技能樹 小潔老師??