數(shù)據(jù)流的方向：|和>用去傳輸數(shù)據(jù)
cat test.fa |head| wc -l
查看text.fa文件，改變輸出行為，只顯示前10行，再改變輸出行為，統(tǒng)計行數(shù)
上述是管道的作用
再例如：cat test.fa |head -20|tail -10|less -N
顯示第10到20行，并標(biāo)注行號顯示
1、>保存、重定項
將輸出的內(nèi)容寫入后面new.fa文件中
例如：cat test.fa |head -20|tail -10|less -N >new.fa
2、>>為追加寫入：原有的文件不變加在其后面
3、1>和2>：將檢測數(shù)據(jù)結(jié)果的正誤，即將結(jié)果分流，正確的寫入1>，錯誤的寫入2>
例如：cat test.fa >1.fa 2>1.faerr
如果test.fa文件錯誤，他不會輸出到1.fa文件中
打包和壓縮
（多個文件放入一個文件夾）（減小儲存）
gzip 文件名 #壓縮該文件
gunzip 文件名.gz #解壓縮該文件
less 文件名.gz 或者zcat 文件名.gz #直接查看壓縮文件內(nèi)容目錄
不解壓縮合并壓縮包：
例如：zcat 1.fq.gz 2.fq.gz |gzip >./cosequence.gz
查看兩個壓縮文件，再壓縮，再重定項為當(dāng)前目錄下的cosequence.gz文件
tar （不影響源文件）
tar -cvf pack.tar[打包后的文件名] [所有打包的文件名] #打包
tar -xvf #解包
gz
tar -zcvf 文件名.tar.gz A B C #A B C打包壓縮為gz結(jié)尾文件
tar -zxvf 文件名.tar.gz ./ #解壓縮.tar.gz 結(jié)尾文件到當(dāng)前文件夾
bz2
tar -jcvf filename.tar.bz2 A B C #A B C打包壓縮為bz2結(jié)尾文件
tar -jxvf filename.tar.bz2 # 解壓縮.tar.bz2結(jié)尾文件到當(dāng)前文件夾
編寫腳本
腳本：執(zhí)行的一條或多條命令保存在一個文件中，分為交互式（Interactive）執(zhí)行與批處理（batch）
腳本的要素：1. 軟件：軟件寫在第一位。2. 輸入內(nèi)容：可以是文件，也可以是命令行輸入。3. 輸出內(nèi)容：可以屏幕輸出，也可以保存到文件內(nèi)。4. 選項參數(shù)：通過單個連字符的短選項-，或者兩個連字符的長選項--。5. 日志：記錄軟件運(yùn)行信息及錯誤信息，便于排錯，通過重定向保存。
vim 是 Linux 系統(tǒng)自帶的文本編輯器，相當(dāng)于windows 系統(tǒng)下的 word。
退出：按 ESC 將 vim 從插入模式或者 visual 模式切換為命令模式。首先按 esc 鍵切換到命令模式 然后按“shift+：”冒號表示可以輸入命令了 然后按
q！不保存退出
wq 保存退出或者 x 保存退出
w+文件名 另存一個文件
運(yùn)行：ubuntu：bash a1.sh
正常：sh a1.sh
移動
數(shù)字 0：移到文章的開頭。
按 G：移動到文章的最后。
上下左右
刪除文字
在Esc下按10d+向下箭頭：刪除下方10行
按10d+向上箭頭：刪除上方10行
按10d+向左箭頭：刪除左方10個字符
按10d+向右箭頭：刪除右方10個字符
yy 復(fù)制所在行全部
p 粘貼
ctrl+r前進(jìn)
U退回
15G 表示移動光標(biāo)至文章15行
vim配置
vim配置文件在家目錄下創(chuàng)建一個.vimrc文件即可。
filetype on #支持不同文件擴(kuò)展名不同語法高亮
syntax on #語法高亮
set autoindent #自動縮進(jìn)
set nu #設(shè)置行號
set tabstop=4 #Tab縮進(jìn)數(shù)目
set softtabstop=4
set expandtab
set shiftwidth=4
set ruler # 設(shè)置標(biāo)尺
set backspace=indent,eol,start
set backspace=2
set expandtab #設(shè)置自動縮進(jìn)
set cindent shiftwidth=4 縮進(jìn)的字符個數(shù)
set foldcolumn=4 #設(shè)置折疊模式
替換：
命令下%s/xxx/.../ 回車
搜索：
命令下/xxx 搜索xxx 回車
