阿拉伯文明的傳入，導致了經(jīng)院哲學內(nèi)部的一場大論戰(zhàn)，盡管托馬斯主義很快取得了奧古斯丁主義占據(jù)了統(tǒng)治地位，但要恢復到當年奧古斯丁主義的統(tǒng)治水平卻是不可能的，還在托馬斯時代，羅吉爾培根就以他卓越的實驗科學思想和思想哲學預示了新時代的曙光，后期的斯各托主義和奧康的威廉主義這一方面企圖恢復奧古斯丁時代宗教的純潔，把理性從宗教中排斥出去，從而在客觀上導致了理性的獨立。

另一方面又發(fā)揚了唯名論思想，成為了近代唯物主義哲學的先驅(qū)，而在德國艾克哈特的神秘主義思想則以泛神論的形式給予正統(tǒng)經(jīng)院哲學以沉重打擊所有的這些因素的共同作用，再加上14世紀由意大利發(fā)端的文藝復興人文主義運動導致了經(jīng)院哲學的解體。