接著上次寫了plink的第1篇基本格式后，小Q今天開始寫第2篇-如何修改plink里的樣本信息啦！

• 第1篇-數(shù)據(jù)格式：http://www.itdecent.cn/p/ebaa8311b318

首先我們假設(shè)數(shù)據(jù)是這個樣子的，2個樣本，2個SNP，這里采用ped & map

plink.ped & plink.map
ped： 家庭ID 樣本ID 父親ID 母親ID 性別 疾病狀態(tài) SNP1的基因型 SNP2的基因型
ind1FID ind1IID F1 M1 1 0 A G G T
ind2FID ind2IID F2 M2 2 0 G G T T
map: 染色體號 SNPID 遺傳距離 物理距離
1 snp1 0 100
2 snp2 0 1000
這些信息怎么表示請見《第1篇-數(shù)據(jù)格式：http://www.itdecent.cn/p/ebaa8311b318》

plink里記錄的樣本信息主要包括以下幾種：

1. family ID：家庭ID
2. 個體ID
3. 父親ID
4. 母親ID
5. 性別
6. 患病狀態(tài)

所以更新樣本信息主要是更新以下幾類：

1. 樣本自己的ID

• --update-ids expects input with the following four fields:
  Old family ID
  Old within-family ID
  New family ID
  New within-family ID
• inputfile內(nèi)容如下
  ind1FID ind1IID ind1FID2 ind1IID2
• 命令行
  plink --file plink --update-ids inputfile --recode --out newplink

2. 父母的ID

• --update-parents expects the following four fields:
  Family ID
  Within-family ID
  New paternal within-family ID
  New maternal within-family ID
• inputfile內(nèi)容如下
  ind1FID ind1IID F1new M1new
• 命令行
  plink --file plink --update-parents inputfile --recode --out newplink

3. 性別

• --update-sex
  Family ID
  Within-family ID
  sex information (1 or M = male, 2 or F = female, 0 = missing)
• inputfile內(nèi)容如下
  ind1FID ind1IID 2
• 命令行
  plink --file plink --update-sex inputfile --recode --out newplink

下期預(yù)告：

• 第3篇-如何利用plink提取部分?jǐn)?shù)據(jù)
• 第4篇-如何利用plink合并不同來源的數(shù)據(jù)
  ......

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撰文 & 編輯：VickieQ
校對：HCLO4 & 花毛