文獻信息：
標題：An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome
中文：腸道(人)宏基因組參考基因集
雜志：nature biotechnology
時間：2014
單位：深圳華大生命科學研究院

摘要：
許多對人類腸道微生物組的分析都依賴于參考基因的目錄。現(xiàn)有的人類腸道微生物組目錄是基于單個隊列或參考基因組或蛋白質(zhì)序列的樣本，這限制了對全球微生物組多樣性的覆蓋。在這里，我們將249個人類腸道宏基因組(MetaHit)項目的新測序樣本與1018個之前測序的樣本結(jié)合起來，創(chuàng)建了一個來自三大洲的隊列，該隊列至少比之前基因目錄使用的隊列大3倍。在此基礎(chǔ)上，建立了包含9,879,896個基因的綜合基因目錄(IGC)。該目錄包含了大多數(shù)腸道微生物近乎完整的基因，它們的質(zhì)量也比以前的目錄高得多。使用該目錄對一組來自中國和丹麥的樣本進行了分析，揭示了各國特有的腸道微生物特征。這個擴展的目錄將有助于定量表征腸道微生物組的宏基因組、超轉(zhuǎn)錄組和元蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)，以了解其在人類健康和疾病人群中的變化。

1 IGC構(gòu)建流程

2 IGC覆蓋度

3 3CGC基因組覆蓋度提高

4 中國，丹麥微生物群比較

5 低呈現(xiàn)基因的豐度和功能

6 低呈現(xiàn)基因的瞬時穩(wěn)定性