你永遠(yuǎn)不知道你的小伙伴會(huì)有什么奇奇怪怪的要求，而這些要求能把作為一個(gè)菜鳥的你折騰得半死（/ o \）~~~~
這篇文章就是Poesie無數(shù)次嘔血后的干貨總結(jié)，給自己留條后路（誰(shuí)也不知道電腦什么時(shí)候會(huì)崩潰 / (#_#) /）)

本次干貨小提綱~~

1.ggplot $\color{red}{氣泡圖}$ 的基本繪圖與語(yǔ)法（套用公式）

2.如何快速更換圖中 $\color{red}{文字字體樣式}$

3.ggplot中如何改變 $\color{red}{主題的字體、顏色、大小、位置（居中等）}$

4.如何 $\color{red}{鎖定}$ 橫軸坐標(biāo)的 $\color{red}{標(biāo)簽順序}$

5.ggplot中如何改變 $\color{red}{背景顏色，網(wǎng)格等}$

一、數(shù)據(jù)

這個(gè)是我作圖的一個(gè)數(shù)據(jù)表格

我作圖的一個(gè)數(shù)據(jù)表格

二、將數(shù)據(jù)讀入R中，同時(shí)打開繪圖所需的包

library(ggplot2) #主要繪圖包
# install.packages(readxl) 
#我的文件是xlsx格式的，電腦要下載R包readxl ,如果電腦已經(jīng)下載過了，這個(gè)代碼就可以直接忽略~~
# 讀取數(shù)據(jù)
AA=readxl::read_xlsx("GO(3).xlsx",sheet = 1)
# 設(shè)置圖形中的字體格式
windowsFonts(myFont = windowsFont("Times New Roman")) #將字體格式改成Times New Roman格式, 環(huán)境存在myFont 格式

如果電腦已經(jīng)下載過了R包readxl，代碼install.packages(readxl) 就可直接忽略
讀取數(shù)據(jù)中sheet = 1是可以去掉的，這個(gè)參數(shù)是如果你一個(gè)excel表格里面好幾個(gè)Sheet，可以通過修改數(shù)字，決定你讀取第幾個(gè)Sheet,一般默認(rèn)讀取第一個(gè)
$\color{red}{例如：AA=readxl::read_xlsx("GO(3).xlsx",sheet = 3)}\$
將sheet = 1改成sheet = 3，就是將讀取sheet = 1改成讀取sheet = 3
設(shè)置圖形中的字體格式，只要是電腦有的格式，都可以通過修改括號(hào)中的Times New Roman，修改字體格式

三、繪圖

1. 氣泡圖總匯代碼

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) + # 鎖定數(shù)據(jù)框，X軸Y軸數(shù)據(jù)
 geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ #繪制氣泡圖
  coord_flip()+ # 將X軸與Y軸調(diào)換
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")+ #顏色范圍
  theme(legend.title = element_text(size = 15, face = 2))+ #圖例標(biāo)題大小
  theme(legend.key.size=unit(1,'cm'))+ #圖例標(biāo)題大小
  theme(legend.text = element_text( size = 15,face = 'bold'))+ #圖例圖形里文字大小
  labs(x="Term",y = "RichFactor",title = "GO")+ # X軸、 Y軸 、圖的biao
  geom_line() +
  theme_bw()+
  theme(plot.background = element_rect(fill = "White"))+ #圖片背景顏色設(shè)置
  theme(panel.grid.major=element_line(colour="grey")) +
  scale_fill_gradient(low = "pink", high = "red")+
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15))+
  theme(axis.text.x = element_text(size = 12, family = "myFont", color = "black", face = "bold"))+
  theme(axis.text.y = element_text(size = 12, family = "myFont", color =c("red","red","red","red","red","red","red","red","red","red","red","red","red","red","red","orange","orange","orange","orange","orange","orange","orange","orange","orange","orange","orange","orange","orange","orange","orange","blue","blue","blue","blue","blue","blue","blue","blue","blue","blue","blue","blue","blue","blue","blue"),face = "bold"))+
  theme(plot.title = element_text(size = 15,face = 4, hjust =0.5))

2. 分步解讀

（1） ggplot繪圖相當(dāng)于層層疊加（加代碼加圖層）

ggplot()

繪圖打底的頁(yè)面，背景層

（2）鎖定數(shù)據(jù)框，X、Y軸

初步鎖定了X軸與Y軸，由于Term的名字太長(zhǎng)了，導(dǎo)致X軸名字密密麻麻擠到了一起，
后面可以通過代碼調(diào)整

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)

（3）繪制氣泡圖

Ⅰ.可見這個(gè)圖十分簡(jiǎn)略，接下來就是通過添加代碼修飾

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)+
geom_point()

Ⅱ.通過修改參數(shù)size（大小）color（顏色）來修改圖形

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)+
geom_point(size=5,color="red",shape =0)

Ⅲ、通過修改參數(shù)shape (形狀)來修改圖形

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
     geom_point(size=5,color="red",shape = 10)

shape=X ，X是數(shù)字1~25，可以任意更改以滿足自己的需求

Ⅳ、參數(shù)size（大小）color（顏色）shape (形狀)進(jìn)階

由于我想將氣泡圖的大小形狀顏色均勻表格中數(shù)據(jù)聯(lián)系在一起，鎖定aes()

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)+
geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))

修飾：①size=10*GeneNumber --用點(diǎn)的大小表示GeneNumber 數(shù)值大小，但是由于GeneNumber數(shù)值有點(diǎn)過小，圖形差異不明顯，用10 *，將其擴(kuò)大10倍
②color=-1 * log10(PValue)----給點(diǎn)上顏色，變量鎖定PValue，-1 * log10也是數(shù)學(xué)運(yùn)算

③shape = factor(Group)----根據(jù)Group列來改變其形狀的不同,注意要將分組的哪一列factor()因子化

Ⅴ. 將X軸與Y軸倒過來

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
  geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip() #將X軸與Y軸倒過來

Ⅵ.修改變化中的顏色 ---+ scale_color_gradient()

high，low是顏色變化的上下限，通過自己喜好修改顏色

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
 geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip() +#將X軸與Y軸倒過來
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")

（4）圖例修改

Ⅰ.大小

legend.title 圖例的標(biāo)題 --參數(shù)size（大?。?face參數(shù)可用于使字體變?yōu)榇煮w或斜體,補(bǔ)：可以加參數(shù)color顏色的，用法和上面一樣
*face取值：plain普通，bold加粗，italic斜體，bold.italic斜體加粗
legend.key.size=unit(1,'cm')) 圖例里面圖形的大小--修改數(shù)字調(diào)整
legend.text--- 圖例里面圖形的文字--參數(shù) size 與 face 應(yīng)用如上

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
  geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip()+ #將X軸與Y軸倒過來
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")+
  theme(legend.title = element_text(size = 15, face = 2))+
  theme(legend.key.size=unit(1,'cm'))+
  theme(legend.text = element_text( size = 15,face = 'bold'))

legend.title

legend.key.size

legend.text

Ⅱ.圖例

c9bc03a6a62f45031ca93f9a701fc00.png

位置
通過+ theme(legend.position = "bottom")

“top”	“right”	“bottom”	“l(fā)eft”
“頂部”	“右側(cè)”	“底部”	“左側(cè)”

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
  geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip()+ #將X軸與Y軸倒過來
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")+
  theme(legend.title = element_text(size = 15, face = 2))+
  theme(legend.key.size=unit(1,'cm'))+
  theme(legend.text = element_text( size = 15,face = 'bold'))+
  theme(legend.position = "left")

Ⅲ. 若想關(guān)閉圖例

關(guān)閉全部圖例---+theme(legend.position = "none")
若想關(guān)閉圖例標(biāo)題---+ theme(legend.title = element_blank())
element_blank()----空白的意思
關(guān)閉對(duì)color產(chǎn)生的圖例去掉標(biāo)題+guides(color=guide_legend(title=NULL))
*同理可換成size

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
  geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip()+ #將X軸與Y軸倒過來
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")+
  theme(legend.position = "none")

關(guān)閉全部圖例

（5）標(biāo)題

Ⅰ. + labs（）函數(shù)
x--X軸標(biāo)題，y-Y軸標(biāo)題，title --總標(biāo)題
由圖可見我添加了總標(biāo)題GO，將Y軸坐標(biāo)由GeneNumber改成了RichFactor，但由于函數(shù) coord_flip()+ #將X軸與Y軸倒過來，所以RichFactor在橫坐標(biāo)位置

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
  geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip()+ #將X軸與Y軸倒過來
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")+
  theme(legend.title = element_text(size = 15, face = 2))+
  theme(legend.key.size=unit(1,'cm'))+
  theme(legend.text = element_text( size = 15,face = 'bold'))+ 
  labs(x="Term",y = "RichFactor",title = "GO")

標(biāo)題

Ⅱ.添加副標(biāo)題
+ggtitle("GO","副標(biāo)題")

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
  geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip()+ #將X軸與Y軸倒過來
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")+
  theme(legend.title = element_text(size = 15, face = 2))+
  theme(legend.key.size=unit(1,'cm'))+
  theme(legend.text = element_text( size = 15,face = 'bold'))+ 
  labs(x="Term",y = "RichFactor",title ="GO")+
  ggtitle("GO","副標(biāo)題")

Ⅲ. 對(duì)標(biāo)題大小及位置調(diào)整

函數(shù)/參數(shù)	含義	size	family	hjust	face	vjust
plot.title	標(biāo)題	字	字	字	字	字
axis.title.x	X軸標(biāo)題	體	體	體	體	體
axis.title.y	Y軸標(biāo)題	的	的	的	的	的
axis.text.x	X軸坐標(biāo)的標(biāo)題	大	樣	位	粗	高
axis.text.y	Y軸坐標(biāo)的標(biāo)題	小	式	置	細(xì)	低

①參數(shù)size與face,用法與上面一樣
② family = "myFont"----字體格式用myFont的格式，myFont在最開始設(shè)定好了windowsFonts(myFont = windowsFont("Times New Roman"))#將字體格式改成Times New Roman格式
③hjust=0.5 以為這字體居中--GO標(biāo)題明顯居中
hjust=1
hjust=0
④vjust=一個(gè)數(shù)值，通過數(shù)值調(diào)整高低，可正可負(fù)，但是一般沒有需求就不調(diào)整
axis.title

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
  geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip()+ #將X軸與Y軸倒過來
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")+
  theme(legend.title = element_text(size = 15, face = 2))+
  theme(legend.key.size=unit(1,'cm'))+
  theme(legend.text = element_text( size = 15,face = 'bold'))+ 
  labs(x="Term",y = "RichFactor",title = "GO")+
  theme(plot.title = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))+
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))+
  theme(axis.title.y = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))

axis.title+axis.text

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
  geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip()+ #將X軸與Y軸倒過來
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")+
  theme(legend.title = element_text(size = 15, face = 2))+
  theme(legend.key.size=unit(1,'cm'))+
  theme(legend.text = element_text( size = 15,face = 'bold'))+ 
  labs(x="Term",y = "RichFactor",title = "GO")+
  theme(plot.title = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))+
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))+
  theme(axis.title.y = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))+
  theme(axis.text.x = element_text(size = 12, family = "myFont", color = "black", face = "bold"))+
  theme(axis.text.y = element_text(size = 12, family = "myFont", color ="black", face = "bold"))

補(bǔ)充：vjust

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
  geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip()+ #將X軸與Y軸倒過來
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")+
  theme(legend.title = element_text(size = 15, face = 2))+
  theme(legend.key.size=unit(1,'cm'))+
  theme(legend.text = element_text( size = 15,face = 'bold'))+ 
  labs(x="Term",y = "RichFactor",title ="GO")+
  theme(plot.title = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold',vjust=-6))

下調(diào)標(biāo)題

（6）鎖定軸坐標(biāo)順序

細(xì)心的朋友可能會(huì)發(fā)現(xiàn)作圖表格中有時(shí)候Term的順序與圖中的順序?qū)?yīng)不上，ggplot作圖時(shí)，會(huì)按照字母排序，所以對(duì)這方面有需求的小伙伴們可以試一下下面的方法鎖定橫軸坐標(biāo)順序

非常抱歉，那個(gè)對(duì)應(yīng)不上的數(shù)據(jù)誤刪了，這張圖就是個(gè)表意

①先將Term整列因子化，再用levels鎖定順序（即表格中的順序）

AA$Term<-levels(factor(AA$Term))

繪圖代碼不變
ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
  geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip()+ #將X軸與Y軸倒過來
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")+
  theme(legend.title = element_text(size = 15, face = 2))+
  theme(legend.key.size=unit(1,'cm'))+
  theme(legend.text = element_text( size = 15,face = 'bold'))+ 
  labs(x="Term",y = "RichFactor",title = "GO")+
  theme(plot.title = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))+
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))+
  theme(axis.title.y = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))+
  theme(axis.text.x = element_text(size = 12, family = "myFont", color = "black", face = "bold"))+
  theme(axis.text.y = element_text(size = 12, family = "myFont", color ="black", face = "bold"))

如果還有其他順序的需求可以用代碼
圖形將會(huì)按照c("A","B""C",....)排序顯示出來
c("A","B""C",....)里面長(zhǎng)長(zhǎng)的綠色的都是名字，可按需修改，對(duì)應(yīng)上就好

AA$Term= factor(AA$Term,levels = c( "cytosol" ,                                                      
                                    "nucleus"  ,                                                     
                                    "nucleoplasm" ,                                                  
                                    "perinuclear region of cytoplasm"   ,                            
                                    "extracellular region"   ,                                       
                                    "extracellular space"       ,                                    
                                    "cyclin A2-CDK2 complex"     ,                                   
                                    "membrane raft"              ,                                   
                                    "caveola"                     ,                                  
                                    "endosome"                ,                                      
                                    "proteinaceous extracellular matrix"  ,                                          
                                       ......... (太多了，就補(bǔ)一一列舉了)
                                    "protein homodimerization activity"             ,                
                                    "type II transforming growth factor beta receptor binding" ), ordered=TRUE)

比較簡(jiǎn)單的邏輯

（6）關(guān)于背景和網(wǎng)格線

①去掉面板背景顏色
+ theme_bw()
前面代碼不變

ggplot(data = AA, mapping = aes(x=Term,y=GeneNumber)) +
  geom_point(aes(size=10*GeneNumber,color=-1*log10(PValue),shape = factor(Group)))+ 
  coord_flip()+ #將X軸與Y軸倒過來
  scale_color_gradient(low="yellow",high ="red")+
  theme(legend.title = element_text(size = 15, face = 2))+
  theme(legend.key.size=unit(1,'cm'))+
  theme(legend.text = element_text( size = 15,face = 'bold'))+ 
  labs(x="Term",y = "RichFactor",title = "GO")+
  theme(plot.title = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))+
  theme(axis.title.x = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))+
  theme(axis.title.y = element_text(size = 15, family = "myFont", hjust =0.5,face = 'bold'))+
  theme(axis.text.x = element_text(size = 12, family = "myFont", color = "black", face = "bold"))+
  theme(axis.text.y = element_text(size = 12, family = "myFont", color ="black", face = "bold"))+
  theme_bw()

②改變面板顏色
+theme(panel.background = element_rect(fill = "blue"))*
前面的代碼不變

+theme(panel.background = element_rect(fill = "blue"))

③網(wǎng)格線
網(wǎng)格線有兩種類型：主要網(wǎng)格線指示刻度線，主要網(wǎng)格線之間的次要網(wǎng)格線。

主要網(wǎng)格線 + theme(panel.grid.major=element_line(colour="red"))
前面的代碼不變

+  theme(panel.grid.major=element_line(colour="red"))

紅色

次要網(wǎng)格線 + theme(panel.grid.minor = element_line(color = "green", size = 0.25))
前面的代碼不變

  + theme(panel.grid.minor = element_line(color = "green", size =1))

image.png

③填充旁邊的顏色
+theme(plot.background = element_rect(fill = "pink"))
前面的代碼不變

+theme(plot.background = element_rect(fill = "pink"))

將旁邊變成粉色

④邊距
參數(shù)plot.margin可以處理各種不同的單位（厘米，英寸等）
+ theme(plot.margin = unit(c(1, 2, 1, 5), "cm"))
邊距邊的順序是上，右，下，左
前面的代碼不變

+ theme(plot.margin = unit(c(1, 5, 1, 5), "cm"))

邊距明顯變化

以上是Poesie關(guān)于ggplot繪圖的一小部分總結(jié)，不足之處也希望大家指出

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ggplot繪圖（氣泡圖）（一）

ggplot繪圖（氣泡圖）（一）

本次干貨小提綱~~

1.ggplot $\color{red}{氣泡圖}$ 的基本繪圖與語(yǔ)法（套用公式）

2.如何快速更換圖中 $\color{red}{文字字體樣式}$

3.ggplot中如何改變 $\color{red}{主題的字體、顏色、大小、位置（居中等）}$

4.如何 $\color{red}{鎖定}$ 橫軸坐標(biāo)的 $\color{red}{標(biāo)簽順序}$

5.ggplot中如何改變 $\color{red}{背景顏色，網(wǎng)格等}$

一、數(shù)據(jù)

二、將數(shù)據(jù)讀入R中，同時(shí)打開繪圖所需的包

三、繪圖

1. 氣泡圖總匯代碼

2. 分步解讀

（1） ggplot繪圖相當(dāng)于層層疊加（加代碼加圖層）

（2）鎖定數(shù)據(jù)框，X、Y軸

（3）繪制氣泡圖

Ⅰ.可見這個(gè)圖十分簡(jiǎn)略，接下來就是通過添加代碼修飾

Ⅱ.通過修改參數(shù)size（大小）color（顏色）來修改圖形

Ⅲ、通過修改參數(shù)shape (形狀)來修改圖形

Ⅳ、參數(shù)size（大小）color（顏色）shape (形狀)進(jìn)階

Ⅴ. 將X軸與Y軸倒過來

Ⅵ.修改變化中的顏色 ---+ scale_color_gradient()

high，low是顏色變化的上下限，通過自己喜好修改顏色

（4）圖例修改

（5）標(biāo)題

（6）鎖定軸坐標(biāo)順序

（6）關(guān)于背景和網(wǎng)格線

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ggplot繪圖（氣泡圖）（一）

本次干貨小提綱~~

1.ggplot 的基本繪圖與語(yǔ)法（套用公式）

2.如何快速更換圖中

3.ggplot中如何改變

4.如何橫軸坐標(biāo)的

5.ggplot中如何改變

一、數(shù)據(jù)

二、將數(shù)據(jù)讀入R中，同時(shí)打開繪圖所需的包

三、繪圖

1. 氣泡圖總匯代碼

2. 分步解讀

（1） ggplot繪圖相當(dāng)于層層疊加（加代碼加圖層）

（2）鎖定數(shù)據(jù)框，X、Y軸

（3）繪制氣泡圖

Ⅰ.可見這個(gè)圖十分簡(jiǎn)略，接下來就是通過添加代碼修飾

Ⅱ.通過修改參數(shù)size（大小）color（顏色）來修改圖形

Ⅲ、通過修改參數(shù)shape (形狀)來修改圖形

Ⅳ、參數(shù)size（大小）color（顏色）shape (形狀)進(jìn)階

Ⅴ. 將X軸與Y軸倒過來

Ⅵ.修改變化中的顏色 ---+ scale_color_gradient()

high，low是顏色變化的上下限，通過自己喜好修改顏色

（4）圖例修改

（5）標(biāo)題

（6）鎖定軸坐標(biāo)順序

（6）關(guān)于背景和網(wǎng)格線

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1.ggplot $\color{red}{氣泡圖}$ 的基本繪圖與語(yǔ)法（套用公式）

2.如何快速更換圖中 $\color{red}{文字字體樣式}$

3.ggplot中如何改變 $\color{red}{主題的字體、顏色、大小、位置（居中等）}$

4.如何 $\color{red}{鎖定}$ 橫軸坐標(biāo)的 $\color{red}{標(biāo)簽順序}$

5.ggplot中如何改變 $\color{red}{背景顏色，網(wǎng)格等}$

一、數(shù)據(jù)

二、將數(shù)據(jù)讀入R中，同時(shí)打開繪圖所需的包

三、繪圖

（2）鎖定數(shù)據(jù)框，X、Y軸

Ⅰ.可見這個(gè)圖十分簡(jiǎn)略，接下來就是通過添加代碼修飾

Ⅲ、通過修改參數(shù)shape (形狀)來修改圖形

Ⅳ、參數(shù)size（大小）color（顏色）shape (形狀)進(jìn)階

high，low是顏色變化的上下限，通過自己喜好修改顏色