第一篇，無經(jīng)驗，有些倉促，后期再改進(jìn)。希望能堅持。
什么是 Procrustes transformation analysis？
Procrustes這個詞太不常見了，翻詞典也沒有概念到底是個啥意思。其實沒啥意思，這個名字是依照一個希臘神話故事取的。據(jù)說一個古希臘開黑店的，光打劫不成，還非要把人按到一張?zhí)刂频蔫F床，還必須長度匹配，否則身高過長的要被截斷一部分，短的要被拉長... 哈哈言歸正傳，之所以取這個名字，是因為這個分析也有點兒這意思，它是通過分析計算將一個圖形拉伸、扭轉(zhuǎn)之后強行與另一個圖形進(jìn)行匹配。
應(yīng)用
Wang?et al. 一文章上一張圖覺得很有意思，就找來了作圖方法，目的是將PCA分析的前兩個PC1/PC2投射到地圖上，從而可以反映遺傳距離和地理距離的相關(guān)性。
分析方法
目前發(fā)現(xiàn)有兩個包可以做此分析，MCMCpack和VEGAN，利用各自的procrustes()功能。
其中，MCMCpack做此分析輸出結(jié)果比較簡單，并且直接獲得了分析轉(zhuǎn)化后的地理坐標(biāo)，直接做圖即可。
而VEGAN有自己的plot功能，還沒有研究出如何將轉(zhuǎn)化后的數(shù)據(jù)提取后用ggplot作圖。VEGAN還可以利用protest()功能進(jìn)行多次permutation檢驗得出P值。
參考
Wang, Chaolong, Sebastian Z?llner, and Noah A. Rosenberg. "A quantitative comparison of the similarity between genes and geography in worldwide human populations."?PLoS Genet?8.8 (2012): e1002886.
