Linux系統(tǒng)中安裝軟件
conda是什么
1.是Linux系統(tǒng)的應(yīng)用商店
2.如何下載和安裝，
- 搜索“miniconda 清華”
- 在Linux系統(tǒng)中查看服務(wù)器為幾位，“uname -a”,回到網(wǎng)頁，選擇相同位數(shù)的
- 找到最新版本
- 復(fù)制版本鏈接
- 找到要安裝的目錄（cd ）
- wget ＋剛才復(fù)制的鏈接
- 正常安裝，即可
- 如失敗，bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 轉(zhuǎn)載自生信星球
-
到此安裝結(jié)束轉(zhuǎn)載自生信星球.png
- 激活軟件才能使用，先輸入source ~/.bashrc，在輸入 conda（*如果不成功，就刪除miniconda文件夾，用rm -rf）
- 必須添加鏡像，
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda set show_channel_urls yes
使用conda
1.查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表 conda list
conda list
2.搜索conda軟件 conda search fastqc
轉(zhuǎn)載自生信星球
3.安裝軟件 conda install fastqc -y （-y是yes，安裝過程中conda問你的問題全部回答yes）注：默認(rèn)安裝最新版本，但是有的軟件新版本bug比較多，可能需要用到老版本如果要指定版本號，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
安裝軟件
4.卸載軟件 conda remove fastqc -y
卸載軟件
conda 環(huán)境
生信實(shí)戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測序等多個項目。
每一個項目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
--別想了，辦法就是分身?。“凑漳愕捻椖?，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個分身就是不同的“conda environment”。（摘自生信星球）
1.先查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境
conda info --envs (前面帶* 的就是默認(rèn)的)
查看環(huán)境
2.比如我們要處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)了，好，先建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個可以一步完成）(這里指定python版本是因?yàn)橛械能浖腔趐ython開發(fā)的，不是要你學(xué)python或者用它干什么。)
使用代碼：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
建立環(huán)境
3.創(chuàng)建完之后，再次查看一下我們的conda環(huán)境，conda info --envs ，看是不是多了一個rna-seq。但是發(fā)現(xiàn)，默認(rèn)還是base
檢查環(huán)境
4.我們該激活新的conda環(huán)境
代碼：conda activate rna-seq ，這時默認(rèn)的就會轉(zhuǎn)移到rna-seq前面；另外你會發(fā)現(xiàn)在用戶名root前面出現(xiàn)了(rna-seq) ;
接著，你可以輸入fastqc 試，如果出現(xiàn)下面的一大片信息就說明可以使用了（了解一下：其實(shí)這些是幫助信息，你只輸入了一個軟件名稱，沒有給他跟上操作對象，所以他不會執(zhí)行命令，就給你顯示幫助文檔讓你看看，雖然，，并不需要仔細(xì)看，就是給你提供下安全感而已。）
如果要退出當(dāng)前環(huán)境，就運(yùn)行conda deactivate
激活新的環(huán)境
