在一年前剛開始認(rèn)識GISTIC這個軟件的時候，我寫過一篇文檔記錄安裝過程。
Google搜索的第1個中文信息就是（2018年，現(xiàn)在不是，文章現(xiàn)在已經(jīng)有過千次的引用啦~）。
實(shí)際上，GISTIC2已經(jīng)更新了幾個版本，特別是使用了bash替換了之前的csh，這樣就不需要再像我以前那樣修改和配置了。最近又準(zhǔn)備研究一波CNV，好好分析一下，會利用GISTIC2，所以我重新寫一篇安裝的教程。
下載
wget -c ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/GISTIC2.0/GISTIC_2_0_23.tar.gz
解壓
mkdir GISTIC2
mv GISTIC_2_0_23.tar.gz GISTIC2/ && cd GISTIC2/
tar zxf GISTIC_2_0_23.tar.gz
此時目錄下有這些文件
$ ls
examplefiles LICENSE.txt
example_results MATLAB_Compiler_Runtime
gistic2 MCR_Installer
GISTIC_2_0_23.tar.gz README.txt
GISTICDocumentation_standalone_files refgenefiles
GISTICDocumentation_standalone.htm run_gistic_example
gp_gistic2_from_seg source
INSTALL.txt
安裝Matlab環(huán)境
mkdir MATLAB_Compiler_Runtime
cd MCR_Installer/
unzip MCRInstaller.zip
./install -mode silent -agreeToLicense yes -destinationFolder ~/biosoft/GISTIC2/MATLAB_Compiler_Runtime/
注意，最后選項(xiàng)填入的路徑需要是絕對路徑
如果出現(xiàn) java.lang.InternalError: Can't connect to X11 window server using ':0' as the value of the DISPLAY variable. 類似的錯誤，取消顯示：
unset DISPLAY
成功沒有報(bào)錯就是成功了，最后軟件有一些提示，需要后面設(shè)置一些環(huán)境變量：
（這個圖是我后面一次安裝截圖的）
所以接下來我們按照要求設(shè)置這些變量。
設(shè)置Matlab變量
echo "export XAPPLRESDIR=/home/wsx/biosoft/GISTIC2/MATLAB_Compiler_Runtime/v83/X11/app-defaults:\$XAPPLRESDIR" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
LD_LIBRARY_PATH 按照相應(yīng)的格式設(shè)定即可。
運(yùn)行GISTIC示例文件：
cd ../
./run_gistic_example
閱讀文檔
點(diǎn)擊ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/GISTIC2.0/GISTICDocumentation_standalone.htm
其實(shí)在下載的GISTIC里面就有文檔、安裝說明等等。
更新：
今天在檢查 GISTIC 報(bào)錯想要重裝的時候，發(fā)現(xiàn)本文檔有些步驟不夠清楚，于是增補(bǔ)了內(nèi)容。另外，有安裝好幾次 GISTIC2 的經(jīng)驗(yàn)后，我突然意識到這個過程是可以流程化，即被編碼的，于是我編寫了一個程序，一步搞定 GISTIC2 的安裝。
倉庫地址：https://github.com/ShixiangWang/install_GISTIC
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