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? ? ? ?RNAseq，也被稱為全轉錄組測序，是檢測樣品RNA含量的測序。這是一種可以獲得某時刻轉錄組狀態(tài)的方法。RNAseq主要包含將RNA樣本轉換為cDNA library, 接著被測序和根據(jù)參考基因組進行定位。加上其可以測量基因表達水平，RNAseq可以提供關于可變剪接和非編碼RNA（i.e., microRNA）的更多信息。RNAseq轉錄組測序的能力克服了全基因組芯片的許多不足。具體而言，這種測量是定量的，可檢測目標的光譜不受芯片上基因探針的限制。
? ? ? ? 盡管RNAseq具有很明顯的優(yōu)勢，但該技術不可避免得會受到逆轉錄和PCR擴增過程導致誤差的影響。RNA引物的退火并不是隨機的，這可能會導致來自鏈5‘和3’末端的數(shù)據(jù)減少（？什么關系？），從而導致檢測轉錄本的開端和末端更加困難。同時，PCR在擴增轉錄本時，傾向更大程度地擴增長轉錄本，從而導致轉錄本長度地偏差。
忽略具體方法，RNA首先被轉換為cDNA，然后被包裝進測序文庫，通過二代測序方法得到數(shù)百萬個短的核酸序列。?
1. RNAseq允許測量幾乎所有的RNA轉錄本（而不限于芯片表面上所預設的轉錄本）；
2. RNAseq測定的轉錄表達水平有一個更廣泛的動態(tài)范圍；
3. RNAseq可發(fā)現(xiàn)未報道的轉錄本和可變剪接轉錄本；
4. RNAseq能夠對選擇性剪接事件進行定量。
? ? ? ?由RNAseq技術延伸出的數(shù)據(jù)分析具有巨大挑戰(zhàn)。而在現(xiàn)有數(shù)據(jù)分析流程中，沒有一種方法是最優(yōu)的，而且不同的方法受離群值的影響程度不同，不同方法為達到足夠的統(tǒng)計功效所需要的樣本大小不同，不同方法也具有不同的準確度。此外，測序讀段（read）在基因組中不同表達區(qū)域的覆蓋率之間的波動對所有的方法都有影響。
? ? ? ?為了盡可能減少誤差，對數(shù)據(jù)的評估和前期處理對提升RNAseq分析結果可靠性尤為重要，這也對理解RNAseq分析各個流程工作原理提出了很高的要求。下一步盡量對RNAseq各個流程收集更多信息，以獲得更全面理解。
