前面說過了小提琴圖的繪制（單細(xì)胞基因可視化之小提琴圖）。這里繼續(xù)說單細(xì)胞基因可視化的方法---氣泡圖，這是最受歡迎的一種展示基因表達(dá)的圖了，但凡是單細(xì)胞的文章都會(huì)出現(xiàn)。這里我們提供的方法不僅僅局限于單細(xì)胞數(shù)據(jù)，其他的數(shù)據(jù)也可以用來做氣泡熱圖。
Seurat包自帶做氣泡圖的函數(shù)DotPlot，可以通過ggplot修飾，對(duì)圖形的外形，顏色等修改，具體操作如下。
marker <- c("ACKR1","RAMP2",
"LUM","COL3A1",
"KRT14","KRT5",
"CD69","CD52")
DotPlot(scedata, features = marker)+coord_flip()+
theme_bw()+
theme(panel.grid = element_blank(), axis.text.x=element_text(hjust = 1,vjust=0.5))+
labs(x=NULL,y=NULL)+guides(size=guide_legend(order=3))+
scale_color_gradientn(values = seq(0,1,0.2),colours = c('#330066','#336699','#66CC66','#FFCC33'))
image
以上是最普通的作圖，其他文章中還出現(xiàn)過更加高級(jí)的做法，例如這樣的：
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這樣的：
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還有這樣的：
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這里我們提供三種方法繪制單細(xì)胞基因表達(dá)氣泡圖，每種圖形都可以經(jīng)過嘗試變化，形成新的圖形，也可以展示不一樣的東西！
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