
這是一篇3月30號發(fā)表在PNAS上的文章,作者來自德國和英國的研究團隊。
從160個新型冠狀病毒(SARS-Cov-2, COVID-19)的全基因組的生物進化網絡的分析中,我們發(fā)現(xiàn)根據突變導致的氨基酸的改變將已知的病毒分為三組變異體,分別命名為A型、B型和C型,其中根據與蝙蝠所攜帶病毒對比,A型被認為是祖先型病毒。A型和C型病毒主要分布在東亞以外的地方,即是歐洲和美洲地區(qū)。相比之下,B型病毒主要分布在亞洲地區(qū), 其祖先型病毒在沒有突變成B型之前似乎沒有在東亞以外的地區(qū)爆發(fā),這表明由于始祖效應、免疫的或者環(huán)境的影響,亞洲以外的地區(qū)對這種病毒有抵抗力。這個網絡忠實的記錄了在案的新冠患者的感染途徑,表明生物進化網絡可以被成功的用來幫助追溯未記錄的感染源,然后對其進行隔離來阻斷這一世界性疾病的反復傳播。

抽取一下文中的關鍵點:
1: 數(shù)據來源:GISAID數(shù)據庫 (https://www. gisaid.org/),在3月初的時候已經有253個新冠病毒的全基因組或者部分基因的測序數(shù)據。4月13號,該數(shù)據庫已經有7681條序列了。數(shù)據庫的訪問需要首先獲取訪問權限;
2: A型病毒與蝙蝠所攜帶的病毒的序列相似度為96.2% (P. Zhou et al., A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature 579, 270–273 (2020));
3: B型病毒從A型病毒進化而來,主要有兩個突變:(1)同義突變T8782C,這一突變未引起轉錄蛋白中氨基酸的變化,(2)非同義突變C28144T,這一突變導致了轉錄的蛋白中的一個亮氨酸(L)變成了絲氨酸(S);
4: C型病毒從B型病毒突變而來,含有一個非同義突變G26144T,該突變將轉錄的蛋白中的甘氨酸變?yōu)榱死i氨酸;
5: 生物進化網絡的分析方法在各種不同的物種中已經使用了超過10000次,通常被用來重建史前人類群體的運動和生態(tài)的研究,很少被用于病毒學的研究;
6: 之所以使用A型病毒作為祖先型病毒而不是最早的基因組樣本,是由于最早的樣本已經和蝙蝠身上所攜帶的病毒的進化距離比較遠。
7: 使用到的算法:Median-joining network 算法和 Steiner 算法, 這兩種算法均包含在軟件 Network5011CS (https://www.fluxus- engineering.com/)中,分析中參數(shù)epsilon被設置為0。