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Linux目錄結構

1. 絕對路徑

以根目錄“/”為起點，以最終到達的目錄為終點
例：cd /user/name

2. 相對路徑

目錄的常用命令

ll 豎向列出當前文件夾的文件名及目錄
cd 切換目錄
pwd 顯示當前所在位置remove
mkdir(make direction) 創(chuàng)建新的目錄（文件夾）
rmdir(remove direction) 刪掉一個空目錄
cp(copy) 復制文件或目錄 cp /user/Xiaoxh/cDNA/cDNA.fas1 cDNA.fas
rm(remove) 刪掉文件或目錄
mv(move) 移動文件與目錄，或修改文件與目錄的名稱
tail 顯示文件第一行：tail 1.Atrp.gff3
grep 查找：history |grep tail
sort -u 刪去重復行，去冗余：more 6.Hb.pep.blast.list.pep.mafft|grep '>'|sort -u|wc（查看此文件并顯示去冗余后‘>’的數(shù)量）
wc顯示行數(shù)，結合grep'>'使用：more 6.Hb.pep.blast.list.pep.mafft|grep '>'|wc
touch 文件名：創(chuàng)建文檔
vi：編輯文本，按“i”進行編輯。完成后按“Esc”進入命令模式，按“：wq”保存并退出
extr_seq.pl <list> <lib> <output> 將列表與庫進行比對：perl ~/.bin/extr_seq.pl
cat 將幾個文件合并為一個文件： $cat file1 file2 > file cat *JAMM.pep >JAMM.pep cat *MINDY.pep >MINDY.pep cat *MJD.pep >MJD.pep cat *OTU.pep >OTU.pep **去掉”>“**more 3.Pt.pep.blast.list|sort -u|sed 's/^>//' >Pt104 **查找差異基因的pfam** more Pt24.pfam|awk '{print"grep "$ 2" 3.Pt.pep.blast.list.pep.pfam >>Pt24.pfam1"}'|sh
將‘Ml’替換為‘Mg’ sed -i 's/Ml/Mg/g' filename
打印第多少列 awk '{print $1,$ 9, $10,$ 7}' filename
excel中每個單元格加前后綴，在右側新建一列，將其中一個單元格填寫完整，在下面的單元格ctrl+E即可
more aaa |grep t|awk '{print"sed -i \047s/" $1"/"$ NF"/g\047 DUB_7_JAMM.pep.mafft.tm