2022-03-02 新抗原預(yù)測(cè)

1 HLA表達(dá)的抗原決定著集體的組織相容性。通過識(shí)別非己細(xì)胞的肽段可以呈遞到T細(xì)胞進(jìn)而殺死非己細(xì)胞;
2 癌癥細(xì)胞具有大量突變,原則上可以表達(dá)更多的非己抗原,但因?yàn)槊庖咛右輽C(jī)制如PD-1 PD-L1通路等可能逃避HLA表達(dá)抗原的識(shí)別。
3 根據(jù)腫瘤樣本中的大量突變(主要為編碼區(qū)域的致病突變)預(yù)測(cè)突變后的氨基酸序列(肽段),目前主要依賴于netMHCpan軟件,通過機(jī)器學(xué)習(xí)的方法進(jìn)行預(yù)測(cè)。在確定該患者HLA亞型下,主要依賴于optitype軟件,找到突變肽段中與確定HLA亞型具有強(qiáng)親和力的肽段。(三步:1 確定HLA亞型;2 根據(jù)患者突變預(yù)測(cè)可能產(chǎn)生新抗原的肽段;3 分析HLA亞型和肽段的親和力,篩選高親和力的肽段)
4 以上肽段更有可能作為HLA識(shí)別的區(qū)域,以便HLA結(jié)合該區(qū)域?qū)⒛[瘤細(xì)胞呈遞到T細(xì)胞并殺死。
5 涉及以上肽段作為新抗原,外來肽段進(jìn)入體內(nèi)誘發(fā)HLA識(shí)別呈遞,啟動(dòng)免疫反應(yīng)。進(jìn)而教會(huì)HLA識(shí)別腫瘤細(xì)胞中的該肽段,重啟殺死腫瘤細(xì)胞的機(jī)制。

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