genes<-data$gene
head(genes)

圖片.png

# clusterProfile包的bitr轉(zhuǎn)化
library(clusterProfiler)
gene_an<-bitr(data$gene,
              fromType = "ENSEMBL",
               toType = c("ENTREZID","SYMBOL"),
              OrgDb = "org.Mm.eg.db")
##轉(zhuǎn)化的gene_an為data.frame

圖片.png

## 
library(org.Mm.eg.db)
library(AnnotationDbi)
gene_ann2<-mapIds(org.Mm.eg.db,
                  keys=genes, ##輸入的ID
                  column ="SYMBOL",  #要轉(zhuǎn)化為的類型，只能選1種
                  keytype ="ENSEMBL", ##輸入ID的類型
                  multiVals = "first" # 多種轉(zhuǎn)換結(jié)果選擇第一個(gè))
##  gene_ann2    為字符向量

圖片.png

library(org.Mm.eg.db)
library(AnnotationDbi)
k<-keys(org.Mm.eg.db,keytype = "ENSEMBL")
##得到所有的ensembl_ID以及其對應(yīng)的SYMBOL和ENTRZID
gene_list<-AnnotationDbi::select(org.Mm.eg.db,
                  keys=k, ##所有的ensembl_ID
                  columns = c("ENTREZID","SYMBOL"),#要轉(zhuǎn)化為的類型
                   keytype="ENSEMBL")
## 在list的ENSEMBL中匹配我們要轉(zhuǎn)化的ensemble_ID（其他類型類似）
gene_ann3<-gene_list[match(genes,gene_list[,"ENSEMBL"]),]
head(gene_ann3)    
temp2<-na.omit(gene_ann3) # 去除未注釋到的genes

圖片.png

# 方法同上，但是更為簡單
gene_ann4<-AnnotationDbi::select(org.Mm.eg.db,
                                 keys=genes,
                                 columns = c("ENTREZID","SYMBOL"),
                                 keytype="ENSEMBL")