Bioconductor的GEOquery幾個常用函數(shù)可以實現(xiàn)GEO數(shù)據(jù)的下載，但有時候我想直接通過終端下載而不是使用Rstudio然后運行腳本的方式，所以下面用shell腳本對GEOquery兩個下載函數(shù)getGEO()以及getGEOSuppFiles()進行了簡單的封裝。

安裝

使用clone命令

git clone https://github.com/ShixiangWang/mytoolkit/

點擊頁面右上方的克隆或下載按鈕

預(yù)置與幫助

Linux系統(tǒng)安裝R，如果你沒有安裝GEOquery包，腳本會自動判斷并進行下載安裝。

查看腳本幫助：

./getGEOSuppFiles.sh -h
./getGEO.sh -h
./bulkGEO.sh -h

下載GEO附加文件

GEO附加文件一般是原始的芯片數(shù)據(jù)。

用法：

Usage: ./getGEOSuppFiles.sh -n GEO -d directory
GEO:  GEO accession 號，比如 GPL1073 or GSM1137 
directory: 下載到的目錄，默認為你的當(dāng)前目錄。

下載GEO表達矩陣文件

這個是最常用的功能，下載芯片的表達矩陣文件，數(shù)據(jù)已經(jīng)經(jīng)過研究者的預(yù)處理，可以直接使用。

用法：

Usage: ./getGEO.sh -n GEO -d destdir -M GSEMatrix -A AnnotGPL -P getGPL

Detail of Options
==================
-n      GEO: 代表GEO對象的字符 (比如 'GDS505','GSE2','GSM2','GPL96')
-d      destdir: 要下載到的目的目錄，默認為當(dāng)前目錄。
-M      邏輯值TRUE或FALSE，告訴腳本是否下載GSE Series Matrix文件，默認為TRUE。
-A      邏輯值TRUE或FALSE，告訴腳本是否使用注釋GPL信息文件（會下載），這些文件包含了最新映射的Gene ID和其他基本信息，但不是都有。默認為TRUE。
-P      邏輯值TRUE或FALSE，告訴腳本是否在下載GSEMatrix文件時下載GPL信息，如果你知道你要用bioconductor工具的注釋包，你可以選擇FALSE，默認為TRUE。

Minimal Use Method
==================
If you do not know how to use these options, just set -n option is OK
                Like
             ./getGEO.sh -n GEO
        change the 'GEO' above to name of GSE you want to download

大量下載表達矩陣文件和原始文件

這個功能利用了前兩個腳本，對它們進行循環(huán)調(diào)用。

用法：

Usage: ./bulkGEO.sh -n GEO -d destdir -M GSEMatrix -A AnnotGPL -f filename -s supp


Detail of Options
==================
-n      GEO: 代表GEO對象的字符 (比如 'GDS505','GSE2','GSM2','GPL96')
-d      destdir: 要下載到的目的目錄，默認為當(dāng)前目錄。
-M      邏輯值TRUE或FALSE，告訴腳本是否下載GSE Series Matrix文件，默認為TRUE。
-A      邏輯值TRUE或FALSE，告訴腳本是否使用注釋GPL信息文件（會下載），這些文件包含了最新映射的Gene ID和其他基本信息，但不是都有。默認為TRUE。
-P      邏輯值TRUE或FALSE，告訴腳本是否在下載GSEMatrix文件時下載GPL信息，如果你知道你要用bioconductor工具的注釋包，你可以選擇FALSE，默認為TRUE。
-f      filename: 你可以把要下載的GEO對象名放入一個文件，然后指定它。注意，如果使用它，請不要設(shè)定-n選項，不然會被覆蓋掉。
-s      supp: 邏輯值TRUE或FALSE，設(shè)定是否要下載原始附加文件。

Minimal Use Method
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If you do not know how to use these options, just set -n option is OK
                Like
             ./bulkGEO.sh -n 'GEO1 GEO2 GEO3'
        change the 'GEO' above to name of GSE you want to download

昨天為了避免自我感覺的下載麻煩所以寫了這些代碼，因為對linux的腳本還不是很精通，腳本可能會存在問題。基本的下載不會出錯，我已經(jīng)調(diào)試過。如果有問題或其他功能，歡迎提問，我會嘗試解決。

謝謝閱讀~