Fastq是測序數(shù)據(jù)下機格式，其中包含測序序列(reads)的序列信息及其對應(yīng)的測序質(zhì)量信息。
FASTQ格式文件中每個read由四行描述，如下：

@EAS139:136:FC706VJ:2:2104:15343:197393 1:Y:18:ATCACG 
GCTCTTTGCCCTTCTCGTCGAAAATTGTCTCCTCATTCGAAACTTCTCTGT 
+ 
@@CFFFDEHHHHFIJJJ@FHGIIIEHIIJBHHHIJJEGIIJJIGHIGHCCF

其中第一行以“@”開頭，隨后為Illumina 測序標識符(Sequence Identifiers)和描述文字(選擇性部分)；第二行是堿基序列；第三行以“+”開頭，隨后為Illumina 測序標識符(選擇性部分)；第四行是對應(yīng)序列的測序質(zhì)量。
Illumina 測序標識符詳細信息如下：

image.png

第四行中每個字符對應(yīng)的ASCII值減去33，即為對應(yīng)第二行堿基的測序質(zhì)量值。如果測序錯誤率用e表示，Illumina測序平臺的堿基質(zhì)量值用Qphred表示，則有下列關(guān)系：
ASCII - 33 = Qphred　=　-10log10(e)
此公式可說明，質(zhì)量值越大測序錯誤率(e)越低，準確性越高