1 環(huán)境變量

以之前安裝好的bowtie2為例：

方法一：
首先賦值：
bowtie2=/home/kaoku/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64/bowtie2
使用的時(shí)候：
$bowtie2

方法二：
使用alias，別名，類似快捷方式：
alias bowtie2='/home/kaoku/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64/bowtie2'
使用的時(shí)候：不需要加$
bowtie2

方法三：（推薦）
環(huán)境變量
$ echo $PATH
/root/miniconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin

$ export PATH="$PATH:/home/kaoku/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64/"
相當(dāng)于把整個(gè)bowtie2文件夾添加到環(huán)境變量中

當(dāng)然，這些都是一次性操作，想要永久的話需要寫入bashrc文件
cat ~/.bashrc
追加：
cat >> ~/.bashrc PS1="...."
source ~/.bashrc （永久生效）

進(jìn)一步查看bowtie2目錄：

root 09:40:19 /home/kaoku/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64
$ tree -h
├── [4.0K]  example
│   ├── [4.0K]  index
│   │   ├── [4.0M]  lambda_virus.1.bt2
│   │   ├── [1.5K]  lambda_virus.2.bt2
│   │   ├── [  17]  lambda_virus.3.bt2
│   │   ├── [ 12K]  lambda_virus.4.bt2
│   │   ├── [4.0M]  lambda_virus.rev.1.bt2
│   │   └── [1.5K]  lambda_virus.rev.2.bt2

可以看到一些示例文件。

$ less reads/longreads.fq
查看fq文件，四行

bowtie2軟件用于比對(duì)序列，查看help
  bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --interleaved <i> | -b <bam>} [-S <sam>]

首先查看索引文件：
$ ls -lh index/
總用量 8.1M
-rw-r--r-- 1 root root 4.1M  1月 17 08:17 lambda_virus.1.bt2
-rw-r--r-- 1 root root 1.5K  1月 17 08:17 lambda_virus.2.bt2
-rw-r--r-- 1 root root   17  1月 17 08:17 lambda_virus.3.bt2
-rw-r--r-- 1 root root  12K  1月 17 08:17 lambda_virus.4.bt2
-rw-r--r-- 1 root root 4.1M  1月 17 08:17 lambda_virus.rev.1.bt2
-rw-r--r-- 1 root root 1.5K  1月 17 08:17 lambda_virus.rev.2.bt2

構(gòu)建索引：
bowtie2-build .fa tmp

進(jìn)行比對(duì)，并輸出SAM文件
 ./bowtie2 -x tmp -1 example/reads/reads_1.fq -2 example/reads/reads_2.fq -S tmp.sa
-x比對(duì)，-1第一個(gè)需要比對(duì)的reads，后面是該reads的fastq文件，
-2第二個(gè)reads文件，比對(duì)完之后的數(shù)據(jù)以tmp.sam文件輸出

2 編輯器

在開(kāi)始后續(xù)的學(xué)習(xí)前，我想補(bǔ)充一下必要的編輯器內(nèi)容。

啟用：
vim file
隨后進(jìn)入編輯器

vim編輯器有兩種操作模式：
普通模式
插入模式

剛打開(kāi)文件時(shí)，vim編輯器進(jìn)入普通模式。
按i進(jìn)入插入模式，退出插入模式按Esc

普通模式還有一個(gè)特別的功能呢叫命令行模式
按:進(jìn)入
其中：
:q 退出編輯器
:q! 取消修改并退出
:wq 保存修改并退出

其中，普通模式（一打開(kāi)的模式）可以使用以下命令快速操作：

補(bǔ)充：

在vim編輯器的普通模式下使用退格鍵（Backspace鍵）和刪除鍵（Delete鍵）時(shí)要留心。
vim編輯器通常會(huì)將刪除鍵識(shí)別成x命令的功能，刪除當(dāng)前光標(biāo)所在位置的字符。vim編輯器在普通模式下通常不識(shí)別退格鍵。

3 腳本入門

變量：echo $變量

參數(shù)：

腳本：
echo $1
運(yùn)行：
$ bash tmp.sh p1
p1
$ bash tmp.sh p1 p2
p1

修改一下：
echo $2
運(yùn)行：
$ bash tmp.sh p1 p2 p3
p2

要使用$12 變量的話，正確書(shū)寫：${12}，$12會(huì)變成輸出$1內(nèi)容+字符串2。

通配符：

有file1~10
$ echo file1*
file1 file10

使用多個(gè)命令：

$ date;df
2022年 07月 18日 星期一 15:08:43 CST
文件系統(tǒng)            1K-塊     已用      可用 已用% 掛載點(diǎn)
none              3904148        4   3904144    1% /mnt/wsl
drivers         104857596 48362312  56495284   47% /usr/lib/wsl/drivers
none              3904148        0   3904148    0% /usr/lib/wsl/lib
/dev/sdc       1055762868  5305900 996753496    1% /
none              3904148       28   3904120    1% /mnt/wslg

這個(gè)簡(jiǎn)單的腳本只用到了bash shell命令。date命令先運(yùn)行，緊跟著df命令的輸出。

創(chuàng)建shell腳本文件：

創(chuàng)建文件
$ touch test

進(jìn)入編輯器
$ vim test

進(jìn)入編輯模式
i

在第一行輸入下面內(nèi)容，#后面的驚嘆號(hào)會(huì)告訴shell用哪個(gè)shell來(lái)運(yùn)行腳本
#!/bin/bash

注釋用#添加，如：
#!/bin/bash
# This script displays the date and df
date
df

按Esc退出編輯模式，:wq保存退出

嘗試運(yùn)行：
$ ./test
bash: ./test: 權(quán)限不夠

查看權(quán)限：沒(méi)有運(yùn)行權(quán)限
$ ls -l test
-rw-r--r-- 1 root root 59  7月 18 15:53 test

賦予權(quán)限：
$ chmod u+x test

再次運(yùn)行：
$ ./test
2022年 07月 18日 星期一 15:54:41 CST
文件系統(tǒng)            1K-塊     已用      可用 已用% 掛載點(diǎn)
none              3904148        4   3904144    1% /mnt/wsl
drivers         104857596 48365256  56492340   47% /usr/lib/wsl/drivers
none              3904148        0   3904148    0% /usr/lib/wsl/lib

成功。

注意，要讓bash shell找到腳本文件，可以先PATH環(huán)境變量來(lái)查找命令，然后采用以下兩種方法：
1、將shell腳本文件所處的目錄添加到PATH環(huán)境變量中。
2、在提示符中用絕對(duì)或相對(duì)文件路徑來(lái)引用shell腳本文件。

本例子采用第二種方法。

可以將echo語(yǔ)句添加到shell腳本中任何需要顯示額外信息的地方：

#!/bin/bash
# This script displays the date and df
echo The time and date are:
date
echo The df are as follow:
df

運(yùn)行起來(lái)就會(huì)這樣：
$ ./test
The time and date are:
2022年 07月 18日 星期一 16:04:28 CST
The df are as follow:
文件系統(tǒng)            1K-塊     已用      可用 已用% 掛載點(diǎn)
none              3904148        4   3904144    1% /mnt/wsl
drivers         104857596 48369848  56487748   47% /usr/lib/wsl/drivers
none              3904148        0   3904148    0% /usr/lib/wsl/lib

如果想把字符串和命令輸出在同一行的話，采用以下方法：
#!/bin/bash
# This script displays the date and df
echo -n " The time and date are: "
date
echo The df are as follow:
df

輸出會(huì)這樣：
$ ./test
 The time and date are: 2022年 07月 18日 星期一 16:06:44 CST
The df are as follow:
文件系統(tǒng)            1K-塊     已用      可用 已用% 掛載點(diǎn)
none              3904148        4   3904144    1% /mnt/wsl
drivers         104857596 48371044  56486552   47% /usr/lib/wsl/drivers
none              3904148        0   3904148    0% /usr/lib/wsl/lib

輸出重定向：

command > output

如：
$ date > test
$ cat test
.........

追加命令（而不是覆蓋），采用>>追加
如：$ date >> test1

輸入重定向：

將指定文件內(nèi)容定向到命令
command < inputfile

下一篇的內(nèi)容，我們將進(jìn)一步系統(tǒng)學(xué)習(xí)shell腳本的結(jié)構(gòu)化命令。

我們下篇再見(jiàn)！