awk 'BEGIN{OFS="\t"} /^P/{$2=$2"#1#chr01"} 1' binary.pg.full.gfa > binary.pg.full.renamed.gfa
vg convert -g -p binary.pg.full.renamed.gfa > binary.pg.full.renamed.vg
vg mod -X 32 binary.pg.full.renamed.vg > binary.pg.full.renamed.chop32bp.vg
vg clip binary.pg.full.renamed.chop32bp.vg -d 5 -P ref -m 1000 | vg clip -d 1 - -P ref | vg clip -sS - -P ref > binary.pg.full.renamed.chop32bp.d5.vg
vg convert -f binary.pg.full.renamed.chop32bp.d5.vg > binary.pg.full.renamed.chop32bp.d5.gfa
vg autoindex -p mapping.d5 -g binary.pg.full.renamed.chop32bp.d5.gfa -w giraffe -t 5
#
vg giraffe -t 10 -p -Z 97samples.giraffe.gbz -m 97samples.min -d 97samples.dist \
-f 1803_1.fq.gz -f 1803_2.fq.gz \
1>1803.gam 2>1803.gam.log
(vg filter 1803.gam -r 0.90 -fu -m 1 -q 15 -D 999 -t 2 -x \
97samples.full.chop.32.d10.xg | \
vg view -aM - | nodegwas count -n 1803.filter.node) 1>AH1803.filter.node.log 2>&1
nodegwas rmerge -i sample.list -o node_table -n 2 -t
# here, make sure We got nodetable.gz file,

nodegwas extract -g binary.pg.full.renamed.chop32bp.gfa -n node.source
nodegwas tovcf -k nodetable.gz -n node.source
2026-04-21
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