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陳巍學(xué)基因視頻學(xué)習(xí)筆記--視頻1：Illumina測(cè)序化學(xué)原理
陳巍學(xué)基因視頻學(xué)習(xí)筆記--視頻7：RNA-seq方法和應(yīng)用
陳巍學(xué)基因視頻學(xué)習(xí)筆記--視頻8：外顯子測(cè)序
第一部分：small RNA-seq建庫(kù)測(cè)序方法
1. small RNA
microRNA，tRNA，piRNA等，microRNA數(shù)量眾多，表達(dá)量變化豐富。
2. 建庫(kù)
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small RNA的結(jié)構(gòu)上是5'有一個(gè)磷酸基團(tuán)，3'有一個(gè)羥基基團(tuán)。分別在兩端連接上相應(yīng)的接頭，逆轉(zhuǎn)錄得到第一鏈cDNA，PCR擴(kuò)增之后得到雙鏈cDNA文庫(kù)；電泳分離，切膠回收后得到small RNA文庫(kù)。
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3. RIN值需要在8.5以上
1ug 總RNA可進(jìn)行一個(gè)反應(yīng)，要求總RNA的RIN值在8.5以上。
第二部分：small RNA-seq的數(shù)據(jù)分析
1. 過(guò)濾序列
過(guò)濾引物二聚體及N序列
2. 統(tǒng)計(jì)各種長(zhǎng)度的small RNA數(shù)量
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3. 比對(duì)到參考基因組
4. 與已知的small數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)
5. small RNA的表達(dá)量：TPM
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6. 表達(dá)差異等等
microRNA通過(guò)和mRNA結(jié)合，從而阻止翻譯成蛋白，從而抑制靶基因表達(dá)。
