GO富集分析

數據來源表達量差異分析的表格，需要log2（foldchange）,Pvalue,FDR

差異基因表達分析.png
上下調基因篩選，上調基因篩選條件log2（foldchange)>=1,Pvalue<=0,05;上調基因篩選條件log2（foldchange)<=1,Pvalue<=0,05

以篩選上調基因為例

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使用的在線軟件PANTHER http://www.pantherdb.org/ 可視化漂亮。支持Uniprot ID，

轉換基因ID，基因ID為MSU格式為：LOC_Os-Chr-g-number，RAP格式為Os-Chr-g-numbe，Uniprot ID

MSU ID轉換為 Uniprot ID（PlantGSEA）；由于PlantGSEA打不開，先用RAP-DB將MSU格式為轉換為RAP，再用David將RAP轉換為Uniprot ID

1.MSU格式為轉換為RAPhttps://rapdb.dna.affrc.go.jp/converter/

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轉換結果：點擊download as txt下載結果

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2.將RAP轉換為Uniprot ID DAVID: Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery (Laboratory of Human Retrovirology and Immunoinformatics (LHRI); National Institute of Allergies and Infectious Diseases (NIAID); Leidos Biomedical Research, Inc. (LBR) (ncifcrf.gov)

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轉換結果：點擊download File txt下載結果

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GO富集分析

http://www.pantherdb.org/

分析結果

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