參考文章：http://www.dxy.cn/bbs/topic/23681470

NGS 是"Next-generation" sequencing technology

那么NGS 分為 DNA-seq 和 RNA-seq

DNA-seq

CHlP-seq ?EXon-seq ?whole-DNA-seq

研究的目的： 研究轉(zhuǎn)錄因子TF DNA結(jié)合位點(diǎn) 表觀遺傳修飾 DNA甲基化 全基因組測(cè)序?qū)ふ疫z傳變異位點(diǎn)SNP和InDel

使用工具：

質(zhì)量檢測(cè)：Fastqc?

拼裝：把成千上萬(wàn)的reads拼裝到基因組上， 這里又分從頭拼裝和有參考組的拼裝。

bowtie bwa maq soap?

參考組（reference): 從 UCSC genome browser 中下載

RNA-seq

使用工具：

質(zhì)量檢測(cè)：Fastqc

拼裝：把成千上萬(wàn)的reads拼裝到基因組上， 這里又分從頭拼裝和有參考組的拼裝。

Tophat Cufflinks

參考組（reference): 從 UCSC genome browser 中下載