A00265:483:HGYJHDSXY:4:1101:10004:16188 77 * 0 0 * * 0 0
A00265:483:HGYJHDSXY:4:1101:10068:10473 141 * 0 0 * * 0 0
這是一個SAM格式的文件,每一列的含義如下:
1.A00265:483:HGYJHDSXY:4:1101:10004:16188:這是序列的ID,通常包含了測序機的信息、測序的run信息、樣本的信息等。
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77:這是FLAG字段,表示這個read的一些屬性。77的二進制是1001101,表示這個read是配對的,但是沒有比對到參考序列,而且它的配對read也沒有比對到參考序列。141的二進制表示是10001101,所以這個read的屬性包括:read是配對的; read沒有比對到參考序列; read的配對read沒有比對到參考序列; read是第二條read(在paired-end測序中)
FLAG字段,是一個二進制數(shù),用來表示read的一些屬性; 每一位的含義如下:
1:read是配對的
2:read在配對中
4:read沒有比對到參考序列
8:read的配對read沒有比對到參考序列
16:read比對到參考序列的反鏈
32:read的配對read比對到參考序列的反鏈
64:read是第一條read(在paired-end測序中)
128:read是第二條read(在paired-end測序中)
256:read不是主要的比對結(jié)果
512:read沒有通過質(zhì)量控制
1024:read是PCR或克隆的重復(fù)
*:這是參考序列的名字,*表示這個read沒有比對到任何參考序列。0:這是read比對到參考序列的位置,0表示這個read沒有比對到任何參考序列。0:這是MAPQ字段,表示比對的質(zhì)量,0表示這個read沒有比對到任何參考序列。*:這是CIGAR字符串,描述了read如何比對到參考序列。*表示這個read沒有比對到任何參考序列。*:這是配對read比對到的參考序列的名字,*表示配對的read沒有比對到任何參考序列。0:這是配對read比對到的參考序列的位置,0表示配對的read沒有比對到任何參考序列。0:這是插入片段的長度,0表示沒有插入片段。*:這是read的序列,*表示read的序列沒有給出。
總的來說,示例中的read和它的配對read都沒有比對到任何參考序列。