介紹
在分子動力學模擬中，首先要給分子添加力場。一般來說，使用Discovey Studio可以自動匹配大部分分子的力場參數(shù)，但若使用charmm36等力場時，會缺失某些分子的自動參數(shù)估計值，提示“xxxx could not be typed with the current forcefield”。下面以DS的官方教程為例。
添加力場
以示例文件為例：File>Samples>Tutorials>Simulation>1hho.pdb
應(yīng)用charmm27力場：Simulation>Change Forcefield>Forcefield: charmm27>Apply Forcefield
此時提示：“1hho could not be typed with the current forcefield. See the Change Forcefield toolpanel for more information.” 說明這個分子在charmm27無內(nèi)置參數(shù)，點擊“OK”。
自定義殘基屬性
查看缺失的信息：Simulation>Change Forcefield>Forcefield Status>More
在彈出的信息欄中點擊“Atoms”：
發(fā)現(xiàn)是A鏈上的HEM143殘基上的NA、NB、NC、ND原子缺失力場參數(shù)
在層級面板展開HEM143鏈，選中這些原子
或者直接在信息欄上選中這些原子
右鍵滑動一下視圖窗口，使在保持選擇狀態(tài)下工具欄為可用狀態(tài)
自定義殘基屬性：Simulation>Change Forcefield>Forcefield Customization>Modify Atom Type
選擇“NPH”，點擊“OK”
不同殘基不同原子力場屬性都是不一樣的，實操時需查閱文獻確定
此時力場已完整，可用于分子動力學模擬
