Linux系統(tǒng)創(chuàng)建新的R環(huán)境及報(bào)錯(cuò)

因?yàn)橛械腞包需要R4才能安裝使用,原本是想直接升級(jí)R版本的,但是又害怕環(huán)境什么的裝不對(duì),牽一發(fā)而動(dòng)全身,導(dǎo)致服務(wù)器的R用不了,大家干不了活,那我就罪大惡極了,所以曲線救國(guó),在 conda新創(chuàng)建一個(gè)R4.0環(huán)境。

安裝命令如下:
conda create --name r4-base # r4-base是你的R的命名
conda activate r4-base
conda install -c conda-forge r-base
conda install -c conda-forge/label/gcc7 r-base

conda create --name r4-base
image.png
conda activate r4-base
conda install -c conda-forge r-base=4.2.3
image.png

遇到一個(gè)報(bào)錯(cuò):


image.png

上網(wǎng)搜,看到一個(gè)類(lèi)似問(wèn)題:https://blog.csdn.net/DJames23/article/details/109510050

d2ca18d83dfee2467d3f6ea410d567a.png

里面說(shuō)刪除再裝回去就好,但是,這個(gè)怎么裝回去呢?這個(gè)裝回去看不懂后面的格式是什么意思啊。問(wèn)小伙伴,小伙伴叫我直接刪掉就好,保險(xiǎn)起見(jiàn),我還是改個(gè)名保留下來(lái)。然后重新跑了一遍代碼 conda install -c conda-forge r-base

image.png

然后發(fā)現(xiàn),這就直接會(huì)生成一個(gè),剛剛不知道怎么裝回去的問(wèn)題解決了。


image.png

最后一句:

conda install -c conda-forge/label/gcc7 r-base
image.png

搞定。

安裝完R環(huán)境后,要在.bashrc或.bash_profile中export 相應(yīng)的path:

export PATH="$PATH:/你的R4地址的bin/envs/r4-base/bin"

如果不export 相應(yīng)的path,R安裝包時(shí)就可能找不到相應(yīng)的程序,因?yàn)樗粫?huì)調(diào)用默認(rèn)的:

/bin/sh: x86_64-conda-linux-gnu-cc: command not found

那么,怎么在RStudio里切換R版本呢?

方法1:不同版本的R覆蓋/usr/local/bin下面的R,打開(kāi)RStudio就是更換版本后的R。

ln -sf  ~/anaconda2/envs/r4-base/bin/R  /usr/local/bin/R

方法2:添加環(huán)境變量,將RSTUDIO_WHICH_R環(huán)境變量設(shè)置為您想要運(yùn)行的R可執(zhí)行文件。(個(gè)人普通用戶(hù)更改無(wú)效)

export R studio _ WHICH _ R =~/anaconda2/envs/r4-base/bin/R

如果想運(yùn)行幾個(gè)R版本,可以在.bashrc或.bash_profile中創(chuàng)建別名。配置文件,例如:(親測(cè)只在終端有效,網(wǎng)頁(yè)版Rstudio還是默認(rèn)3.6版本)

alias R3.6.2=/usr/local/bin/R
alias R4.0.5=~/anaconda2/envs/r4-base/bin/R

如果方法2不行,是因?yàn)镽studio 默認(rèn)使用的是系統(tǒng)環(huán)境變量PATH里的R,而 Rstudio 通常是以管理員權(quán)限安裝的。管理員PATH里的 R 和普通用戶(hù)可能不一致。那么我們需要進(jìn)行一些配置,試試方法3。

方法3:打開(kāi)這個(gè)文件:/etc/rstudio/rserver.conf,配置下面兩行
rsession-which-r 配置使用的 R,跟服務(wù)器保持一致;
rsession-ld-library-path 配置 R模塊的安裝或者調(diào)用路徑,也跟服務(wù)器保持一致。
配置完成后,重新啟動(dòng) Rstudio 服務(wù)。

vi /etc/rstudio/rserver.conf
# rsession-which-r=/home/user/miniconda3/lib/R
rsession-which-r=~/anaconda2/envs/r4-base/bin/R

重啟Rstudio

sudo rstudio-server restart
sudo rstudio-server status # 查看Rstudio狀態(tài)

重新登錄就可以了。你會(huì)發(fā)現(xiàn) R的辦法,以及 R library 的路徑都一致了。但是這里又有一個(gè)問(wèn)題,我只是想在需要R4的時(shí)候才切換,方法3的話全部用戶(hù)開(kāi)啟Rstudio都會(huì)變成R4了,很多包都不能用,很多包都要更新或重新下載。還需要再研究研究。

參考:https://blog.csdn.net/swuteresa/article/details/25872627?spm=1001.2101.3001.6661.1&utm_medium=distribute.pc_relevant_t0.none-task-blog-2defaultCTRLISTRate-1.pc_relevant_default&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant_t0.none-task-blog-2defaultCTRLISTRate-1.pc_relevant_default&utm_relevant_index=1

https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/115511842?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2defaultbaidujs_title~default-0.pc_relevant_default&spm=1001.2101.3001.4242.1&utm_relevant_index=3

https://cloud.tencent.com/developer/news/75690

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/14267117.html

最后編輯于
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
【社區(qū)內(nèi)容提示】社區(qū)部分內(nèi)容疑似由AI輔助生成,瀏覽時(shí)請(qǐng)結(jié)合常識(shí)與多方信息審慎甄別。
平臺(tái)聲明:文章內(nèi)容(如有圖片或視頻亦包括在內(nèi))由作者上傳并發(fā)布,文章內(nèi)容僅代表作者本人觀點(diǎn),簡(jiǎn)書(shū)系信息發(fā)布平臺(tái),僅提供信息存儲(chǔ)服務(wù)。

相關(guān)閱讀更多精彩內(nèi)容

友情鏈接更多精彩內(nèi)容