R語(yǔ)言生物信息大數(shù)據(jù)分析與深度挖掘及論文呈現(xiàn)實(shí)踐技術(shù)
各企事業(yè)單位：
隨著高通量測(cè)序以及生物信息學(xué)的發(fā)展，R語(yǔ)言在生物大數(shù)據(jù)分析以及數(shù)據(jù)挖掘中發(fā)揮著越來(lái)越重要的作用。想要成為一名優(yōu)秀的生物數(shù)據(jù)分析者與科研團(tuán)隊(duì)不可或缺的人才，除了掌握對(duì)生物大數(shù)據(jù)挖掘與分析技能之外，還要具備一定的統(tǒng)計(jì)分析能力與SCI論文質(zhì)量繪圖能力。因此，為輔助提高生命科學(xué)研究工作者的生物數(shù)據(jù)可視化與深度挖掘技能，我們舉辦了本次R語(yǔ)言與生物信息學(xué)培訓(xùn)班，本次會(huì)議我們精選大量生物數(shù)據(jù)分析案例，包括利用R語(yǔ)言繪制SCI高質(zhì)量圖片、利用R語(yǔ)言分析生物學(xué)數(shù)據(jù)的案例。通過(guò)本次培訓(xùn)，使學(xué)員能夠掌握利用R科學(xué)文獻(xiàn)圖的繪制技巧、完整的利用R分析生物數(shù)據(jù)，提高學(xué)員數(shù)據(jù)分析技能、領(lǐng)會(huì)高水平SCI論文撰寫(xiě)思路，助力科研?，F(xiàn)將有關(guān)事宜通知如下：
一、主辦單位：北京中科資環(huán)信息技術(shù)研究院教育中心
會(huì)議指定協(xié)辦單位：北京中科碩博研計(jì)算技術(shù)中心? ?
二、時(shí)間地點(diǎn)：2019年3月28日—3月31日? 地點(diǎn)：湖北-武漢
（時(shí)間安排：第一天報(bào)到、授課三天）? ? ? ? ? ? ?
三、培訓(xùn)目標(biāo)：
1. 掌握R語(yǔ)言在生物信息學(xué)中的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法;
2. 掌握各種R語(yǔ)言繪圖包；
3. 掌握R語(yǔ)言的數(shù)據(jù)可視化方法；
4. 通過(guò)手把手的實(shí)操指導(dǎo)，掌握R語(yǔ)言數(shù)據(jù)處理方法與編程技術(shù)；
5. 通過(guò)不同的實(shí)際案例講解與模擬操作掌握R語(yǔ)言實(shí)施生物學(xué)數(shù)據(jù)科學(xué)項(xiàng)目的方法；
6. 掌握編程語(yǔ)言自主學(xué)習(xí)實(shí)踐的方法與技巧；
7. 以自身研究經(jīng)歷分享高水平SCI論文分析撰寫(xiě)思路（Plant Cell、Plos Genetics、New Phytologist）與繪圖技巧。
四、主講專家：
主講專家來(lái)自重點(diǎn)高校及科研院所一線科研人員，長(zhǎng)期從事生物數(shù)據(jù)分析與挖掘，基因測(cè)序等領(lǐng)域工作研究工作，以第一作者發(fā)表過(guò)多篇生物學(xué)SCI高水平論文（如：Plant Cell、Plos genetics; New Phytologist; Journal of Experimental Botany等）。精通R語(yǔ)言、python語(yǔ)言等分析工具，具有豐富的科研及測(cè)序數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)。
五、培訓(xùn)對(duì)象:
各省市、自治區(qū)從事生物、遺傳、基因、農(nóng)業(yè)、醫(yī)藥、生態(tài)、林業(yè)、微生物等行業(yè)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析崗位的技術(shù)骨干、科研院所研究人員和大專院校相關(guān)專業(yè)教學(xué)人員及在校研究生、碩士、博士等相關(guān)人員，以及廣大R愛(ài)好者。? ? ? ? ?
六、培訓(xùn)方式：? ? 1、課程講座；? 2、專題小組研討與案例講解分析結(jié)合；? 3、上機(jī)操作。
七、培訓(xùn)費(fèi)用：? ? ?
? ? 3900元（報(bào)名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)（會(huì)議費(fèi)）、資料費(fèi)、午餐費(fèi)）住宿可統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理。
? （發(fā)票可開(kāi)具：培訓(xùn)費(fèi)、會(huì)議費(fèi)、資料費(fèi)等，會(huì)場(chǎng)發(fā)放紅頭文件，用于參會(huì)人員報(bào)銷(xiāo)使用）
八、頒發(fā)證書(shū)：
? 參加會(huì)議的學(xué)員可以獲得《生物信息分析工程師》專業(yè)技術(shù)培訓(xùn)證書(shū)。此證書(shū)作為個(gè)人學(xué)習(xí)和知
識(shí)更新、專業(yè)技能提升、單位人才聘用的參考依據(jù)。
注：辦理證書(shū)提交資料：請(qǐng)學(xué)員提交電子版2寸藍(lán)底證件照片，照片名稱標(biāo)記為：真實(shí)姓名+身份證號(hào)，報(bào)名同時(shí)提交給會(huì)務(wù)聯(lián)系人。
九、報(bào)名方式：
? 請(qǐng)各有關(guān)部門(mén)統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報(bào)名參加培訓(xùn)，各單位也可直接報(bào)名參加。
報(bào)名回執(zhí)表請(qǐng)傳真至?xí)?wù)組010-53853500? 或發(fā)E_mail:1561702198@qq.com ，會(huì)務(wù)組收到
回執(zhí)后通知報(bào)到相關(guān)事項(xiàng)。
十、聯(lián)系方法:
? 電話/傳真；010-53853500? ? ? R語(yǔ)言生物信息應(yīng)用qq群 641871657? 加群請(qǐng)備注：王進(jìn)邀請(qǐng)
? 聯(lián)系人：王進(jìn) 18510371091 (微信同號(hào)）? ? ? ? QQ咨詢：1561702198? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ? 課程內(nèi)容簡(jiǎn)要：
時(shí) 間
授課方 式
課? 程
主 要 內(nèi)? 容
第一天
8:30~10:00
（2課時(shí)）
知識(shí)梳理
與經(jīng)驗(yàn)分享
R語(yǔ)言與數(shù)據(jù)科學(xué)
n R語(yǔ)言發(fā)展脈絡(luò)
n R語(yǔ)言數(shù)據(jù)操作技巧
n Linux服務(wù)器架構(gòu)及基本操作
n R 語(yǔ)言在linux服務(wù)器中的使用方法
n R語(yǔ)言在生物信息學(xué)中的應(yīng)用
10:10~11:40
（2課時(shí)）
講授
與實(shí)操相結(jié)合
R語(yǔ)言編程技巧數(shù)據(jù)操作
n R與工作目錄
(工作目錄，切換工作目錄)
n R的數(shù)據(jù)類(lèi)型及結(jié)構(gòu) (數(shù)值型、邏輯型、字符型、向量、列表、數(shù)據(jù)框、矩陣)
n R中各數(shù)據(jù)類(lèi)型的賦值與操作
(針對(duì)不同數(shù)據(jù)類(lèi)型進(jìn)行賦值、批量讀取數(shù)據(jù)、通過(guò)循環(huán)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行計(jì)算、差異分析)
n 各種數(shù)據(jù)格式的讀寫(xiě)及操作 (Excel、TXT、CSV、TSV)
14:00~15:30
（2課時(shí)）
講授
與實(shí)操相結(jié)合
R展示生物學(xué)數(shù)據(jù)
n R統(tǒng)計(jì)方法概述
n 如何使SCI論文更具科學(xué)性
(Cover letter 如何寫(xiě)作、摘要、Introduction、Results、Discussion如何寫(xiě)作才可以使審稿人眼前 一亮)
n 基本繪圖命令概述
n 高級(jí)繪圖命令概述
15:40~17:10
（2課時(shí)）
講授
與實(shí)操相結(jié)合
n 基因組大小與基因含量的散點(diǎn)圖
n 繪制基因長(zhǎng)度分布直方圖
n 繪制基因長(zhǎng)度分布的頻率分布密度曲線
n 向圖中添加數(shù)學(xué)公式
第二天
8:30~10:00
（2課時(shí)）
講授
與實(shí)例相結(jié)合
統(tǒng)計(jì)編程R實(shí)現(xiàn)
n 相關(guān)性分析及共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
n 方差分析
n 回歸分析
n 多元線性回歸
n Logistic回歸
n Genome Research文章邏輯回歸實(shí)例操作
10:10~11:40
（2課時(shí)）
講授
與案例相結(jié)合
14:00~15:30
（2課時(shí)）
實(shí)例演示
與講解相結(jié)合
R語(yǔ)言在RNAseq分析中的應(yīng)用
n RNA-Seq前沿動(dòng)態(tài)
n RNA-Seq實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
n 非編碼RNA (lncRNA、miRNA) 分析手段、研究策略解析
n RNA-Seq數(shù)據(jù)如何發(fā)表高分SCI論文
(講解如何從取樣、建庫(kù)、上機(jī)測(cè)序到數(shù)據(jù)如何分析，讓學(xué)員了解目前轉(zhuǎn)錄組學(xué)哪些內(nèi)容可以深度挖掘、哪些建庫(kù)方式對(duì)應(yīng)哪些分析內(nèi)容、讓學(xué)員掌握如何根據(jù)自己的實(shí)驗(yàn)?zāi)康倪x擇合適的建庫(kù)方式和分析手段)
15:40~17:10
（2課時(shí)）
講授
與課堂練習(xí)
第三天
8:30~10:00
（2課時(shí)）
知識(shí)點(diǎn)梳理與實(shí)操相結(jié)合
數(shù)據(jù)可視化R實(shí)現(xiàn)
n R繪圖的實(shí)例演示
n 演示中涉及的各種繪圖功能的講解與R實(shí)現(xiàn)，包括：繪圖區(qū)域分割、二維圖形、交互繪圖
n 數(shù)據(jù)繪圖強(qiáng)化武器
1. 采樣點(diǎn)地圖、熱力圖、氣泡圖
2. 維恩圖、PCA圖、關(guān)聯(lián)分析曼哈頓圖
3. 小提琴圖、盒型圖、餅圖
n 多種作圖方式結(jié)合
(綜合利用R、PPT等繪圖工具拼接完成論文圖片)
n 高分辨率SCI論文圖片生成
(綜合利用AI、pdfviewer生成高質(zhì)量論文圖片)
10:10~11:40
（2課時(shí)）
案例講解與實(shí)操相結(jié)合
14:00~15:30
（2課時(shí)）
講授
與實(shí)操相結(jié)合
R語(yǔ)言二代測(cè)序數(shù)據(jù)深度挖掘
n 數(shù)據(jù)重復(fù)性評(píng)估
(如何在文中體現(xiàn)出不同重復(fù)的RNA-SEQ結(jié)果、Realtime PCR結(jié)果與RNA-SEQ結(jié)果如何對(duì)用)
n 基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與Cytoscape展示
n 多組數(shù)據(jù)表達(dá)趨勢(shì)聚類(lèi)及深度解析策略
(轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)泛濫的時(shí)代，如何才能找到數(shù)據(jù)中的亮點(diǎn)，如何深度挖掘數(shù)據(jù)中隱藏的創(chuàng)新點(diǎn)，讓學(xué)員掌握幾種深度解析組學(xué)數(shù)據(jù)的方法)
15:40~17:10
（2課時(shí)）
講授
與實(shí)操相結(jié)合
R語(yǔ)言在其他生物數(shù)據(jù)分析中的案例
n WGCNA方法尋找表型關(guān)聯(lián)基因模塊
n 自帶組學(xué)分析項(xiàng)目交流及解答
