外國人寫的什么教程修了一天。。。
wsl ubuntu2204適用，先裝git和docker
拉docker，可能需要使用鏡像
參照官方教程
git clone https://github.com/solgenomics/VIGS
cd VIGS
nano docker-compose.yml
對(duì)于docker-compose.yml，修改（關(guān)鍵在于把那個(gè)mason文件夾給映射進(jìn)去）
services:
vigs_tool:
ports:
- 8088:8088
volumes:
- type: bind
source: $HOME/vigs_sequence_files
target: /home/vigs_sequence_files
- type: bind
source: $HOME/VIGS
target: /home/VIGS
container_name: vigs_tool
image: breedbase/vigs_tool:v0.01
restart: always
開啟docker
docker compose up -d
#輸出
[+] Running 1/1
? Container vigs_tool Started
添加基因組文件
進(jìn)入docker，想辦法把cds文件扔里面，比如windows打開扔進(jìn)剛才映射的文件夾$HOME/vigs_sequence_files里
docker exec -it vigs_tool bash
#進(jìn)入后
cd /home/vigs_sequence_files/
#不要?jiǎng)?chuàng)建子文件夾
#想辦法把cds文件扔里面，比如windows打開扔進(jìn)剛才映射的文件夾$HOME/vigs_sequence_files里
makeblastdb -in Ft.hera.cds.fasta -dbtype nucl -out Ft.hera.cds -parse_seqids
#卡了等一會(huì)，
#索引文件，分別 對(duì)應(yīng)上面兩個(gè)文件
bowtie-build -f Ft.hera.cds.fasta Ft.hera.cds
這時(shí)候刷新http://localhost:8088/應(yīng)該已經(jīng)出來了，輸入exit退出
如果關(guān)閉了wsl的bash會(huì)無法連接，所有后面開之前得打開wsl終端界面
作者的另外一種方法——添加基因組文件
不太好使？
