TBtools是什么？

目前，高通量測(cè)序已然是生物實(shí)驗(yàn)室的常用研究手段。數(shù)據(jù)不斷積累，而解讀數(shù)據(jù)的難度也越來(lái)越大。
從海量的生信數(shù)據(jù)中，抽取出有價(jià)值的生物信息，將有助于生物方向的確定與實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展。
而抽取信息卻常常是最繁雜的，其中涉及大量簡(jiǎn)單的重復(fù)操作，包括序列提取，本地Blast，韋恩圖分析....等等。
于是，我寫了TBtools這個(gè)小工具，盡可能逐一地替代這些操作。
希望有一天，其確實(shí)能幫助到一部分人，減少濕實(shí)驗(yàn)出身的生物科研工作者在這一過(guò)程耗費(fèi)的時(shí)間，并可以有更多的時(shí)間用于生活而不是生存，用于陪伴家人而不是一直在電腦前面cp & paste的工作。

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TBtools能干什么？

TBtools開(kāi)發(fā)至今已有3年，經(jīng)過(guò)這些時(shí)間的功能增加和改進(jìn)，已然積累了數(shù)十個(gè)性能相對(duì)穩(wěn)健的小工具。
可正常運(yùn)行于 Windows, Mac， Linux等平臺(tái)
其能輸出的一兩個(gè)圖片，展示如下：

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其目前能做的事情很多，以至于，我可能沒(méi)辦法在這里一一列出，
具體可能可以看看熱身課程的前面部分。這里只做簡(jiǎn)單列出

新增熱門工具，

• Amazing Heatmap Generator熱圖工具
• Amazing Gene Viewer同時(shí)展示進(jìn)化樹(shù)，MEME結(jié)果和基因結(jié)果與結(jié)構(gòu)域

序列操作工具集，Sequence Toolkits ?

• Fasta序列（含區(qū)段）提取，Amazing Fasta Extractor、Fasta Extractor和Fasta Subseq
• Fasta序列合并和分割，F(xiàn)asta Merge and Split
• 序列格式化（序列反向、互補(bǔ)和按指定行寬分行），Sequence Manipulator
• NCBI序列批量下載，NCBI Seq DownLoader
• cDNA序列完成開(kāi)放閱讀框預(yù)測(cè)，Get Complete ORF
• ?序列庫(kù)中引物特異性檢測(cè)，Check Primers
• ?gff3/gtf序列提取，Gtf/Gff3 Sequences Extractor

? Blast界面化工具集，Blast

• ?調(diào)用NCBI API進(jìn)行遠(yuǎn)程Blast，Remote Blast
• 少量序列Blast比對(duì)到大序列庫(kù)文件，Auto Blast SeveralSequences To a Big File
• 少量序列比對(duì)到少量序列，Auto Blast TwoSequence Sets
• 大序列庫(kù)文件比對(duì)到大序列庫(kù)文件，Auto Blast TwoSequence Sets -Big File-
• ?序列比對(duì)到Fastq文件，Blast Several Seq ToFastQ
• ?互惠Blast（用于不同序列庫(kù)ID映射），Reciprocal Blast
• ?序列比對(duì)結(jié)果區(qū)段映射圖繪制，Blast XML AlignmentShower
• ?序列比對(duì)結(jié)果點(diǎn)陣圖繪制，Blast XMLDotplot
• ?序列比對(duì)結(jié)果堆疊圖繪制，Blast XMLPileup Grapher
• ?BlastXML結(jié)果轉(zhuǎn)換為TBtools比對(duì)結(jié)果表格，TranFormat Blast .xml to TBtools.table
• ?BlastXML結(jié)果轉(zhuǎn)換為Blast表格結(jié)果，TranFormat Blast .xml to Blast Table
• ?基于測(cè)序數(shù)據(jù)的電子克隆，e-GenomeWalkingor e-Race

GeneOntology和KEGG工具集，GO and KEGG

• ? GO注釋，GO Anotation
• ? GO富集，GO Enrichment
• ? GO層級(jí)統(tǒng)計(jì)和繪制，GO Level Counter
• ? GO層級(jí)比較，GO Level Compare
• ? GO注釋解析，GO Term Parser
• ? GO注釋轉(zhuǎn)換為BiNGO輸入結(jié)果，Prepare GO Annotaiton For BinGO in cytoscape
• ? KEGG通路富集工具，KEGG Enrichment Analysis
• ? KEGG****通路差異表達(dá)基因描圖工具，KEGG Pathway Map Drawer

? 其他工具集，Others ?

• 取色器，Color Picker
• ?表格提取（行篩選），Table IDManipulator
• ?表格列操作（列排序和保留），Table ColumnManipulator
• ?大文本極速查看（支持.gz壓縮格式），Big Text Viewer
• ?大表格極速查看（支持.gz壓縮格式），Big Table Viewer
• ?基于標(biāo)識(shí)符號(hào)提取文本區(qū)段，Text Block Extractor
• ?表達(dá)量快速查看/比較，Expression Shower
• ?讀段計(jì)數(shù)做RPKM/FPKM/TPM標(biāo)準(zhǔn)化，Expression Calculator (RPKM/FPKM/TPM)
• ?2~6組可交互韋恩圖繪制，Wonderful Venn (Up to Six Sets)
• ?基于序列在染色體上展示基因位置，Map Genes OnGenome From Sequence Files
• ?基于坐標(biāo)在染色體上展示基因位置，Map Genes OnGenome From Position Info Files
• ?基因組共線性分析結(jié)果可視化，Dual SystenyPlotter for MCscanX

? About工具，About

• ?默認(rèn)界面（可直接拖拽.png/.jpg圖片，輸出Kmeans聚類色卡），About TBtools
• ?debug對(duì)話框，Debug Dialog
• ?調(diào)整TBtools初始化內(nèi)存，Resize JVMmemory

為什么開(kāi)課

1. 最直接的原因是 我個(gè)人需要做知識(shí)變現(xiàn)，用于接下來(lái)的人生計(jì)劃
2. 最無(wú)奈的原因是 TBtools的界面化使用方式，很難用Manual講清楚，而我確實(shí)沒(méi)有時(shí)間撰寫Manual

3. 最理想的原因是 每個(gè)人都應(yīng)該做自己擅長(zhǎng)的事情，寫TBtools是我擅長(zhǎng)的，而一步一步告訴每一個(gè)用戶怎么使用它，似乎我不擅長(zhǎng)的，或者我覺(jué)得，我的個(gè)人和經(jīng)歷應(yīng)該更多地用在開(kāi)發(fā)上，而不是使用說(shuō)明上。

課程的主要內(nèi)容

覆蓋以上的清單，以及一些相關(guān)工具的原理和相關(guān)的生物信息學(xué)基礎(chǔ)知識(shí)，
之所以會(huì)有相關(guān)的基礎(chǔ)知識(shí)介紹，是因?yàn)槲覀€(gè)人覺(jué)得，如果只是單純了解TBtools的使用，那么沒(méi)有意義，
所以我加在課程中間

課程時(shí)長(zhǎng)

一個(gè)月零四天，每周日的晚上講一次，一次講演2個(gè)小時(shí)，大體是 20 個(gè)小時(shí)的視頻，
幾乎覆蓋了目前TBtools的所有功能的使用

是否值得報(bào)？

以下是直播參與的人數(shù)（當(dāng)時(shí)是 五折，即￥49）

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按照與直播課程參與的朋友約定，現(xiàn)價(jià)格定為 ￥98
希望這個(gè)價(jià)格大家可以接受，畢竟是個(gè)人和各位朋友努力的結(jié)果。
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更希望，這個(gè)課程的發(fā)布，對(duì)大家和對(duì)我都有所幫助
謝謝各位朋友的支持。