很久沒有做個免疫浸潤的分析了，轉(zhuǎn)眼間，兩大主流免疫浸潤工具都發(fā)布了2.0版本，CIERSORT更新為CIERSORTx，timer更新為timer2.0。

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接下來，小伙伴們就和小編一起學(xué)習(xí)一下timer2.0吧。

從上面的首頁中，我們可以看到timer2.0分成了三個板塊，分別是免疫相關(guān)性、腫瘤探索和免疫估計。

免疫相關(guān)性

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與之前類似，免疫相關(guān)性分為三個模塊，基因、突變、sCNA和結(jié)果，我們以CXCL12為例介紹這幾個模塊。

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可以看到得到的工具比之前更加強大，細(xì)胞類型比之前更豐富了，分析方法也更多樣了。

在看TP53的突變分析結(jié)果

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mutation_table.jpg

結(jié)果也比之前更加豐富，信息量更大了。

其他兩類都比較類似，就不再展示了，下面我們看一下腫瘤探索部分。

腫瘤探索

首先是一張經(jīng)典的箱線圖，延續(xù)了上一版本的風(fēng)格：

genede_plot.jpg

Cox回歸分析：

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geneoutcome_table.jpg

分析突變與基因表達(dá)的關(guān)系，可以直接比較一個基因家族。

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CXCL12與CXCR4的相關(guān)性分析，可以看到多種腫瘤中存在正相關(guān)關(guān)系。

genecorr_table.jpg

最后免疫估計部分需要自己上傳表達(dá)矩陣，我就不演示了，感興趣的小伙伴可以自己摸索哦。

好了，今天的推文就到這里，我們下次再見吧。