葉綠體基因組Pi分析（Nucleotide diversity）

共有基因和基因間區(qū)Pi可視化

今天主要分享繪制這一張圖需要做的工作。

1. 準(zhǔn)備正確注釋的gb文件（自己注釋以及NCBI上下載的想比較分析的物種gb文件）
2. 從注釋文件中提取共有基因和共有間區(qū)序列
3. 使用DNAsp計(jì)算其Pi值（Nucleotide diversity）
4. 按照基因和間區(qū)序列在葉綠體基因組上的位置進(jìn)行排序
5. 可視化

寫(xiě)在末尾
提取間區(qū)序列，一直使用的是PGA里面帶的一個(gè)腳本，但是最近感覺(jué)腳本不能很好的考慮首尾的基因，看不懂perl語(yǔ)言，因此用Python自己寫(xiě)了一個(gè)。 繪制這樣一張圖還是比較費(fèi)勁的，差不多用到了9個(gè)腳本。然后再使用R進(jìn)行可視化，PS修圖。
如果有需要，可以加Q聯(lián)系：753392597