RNA-seq :用conda安裝RNA-seq所需要的工具
（主要摘自Y大寬的文章https://cloud.tencent.com/developer/article/1332363）
一 安裝miniconda
復制地址
mkdir src
cd src
~/src$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
~/src$ bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
配置conda環(huán)境
先啟動conda環(huán)境
source ~/miniconda3/bin/activate
conda search bwa
結果搜索不到，需要添加channels
添加頻道
復制以下命令
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
回到linux粘貼
另外再添加第三方頻道
下面這個一定添加
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
接下來安裝bioconda頻道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
用vim進行查看
vim ~/.condarc
二 管理環(huán)境變量 安裝python2環(huán)境
啟動minicon3環(huán)境
source ~/miniconda3/bin/activate
#查看conda環(huán)境#
conda info --envs
可以看到只有miniconda3，但是有些軟件比如macs2是在python2環(huán)境
conda重新建立一個python2環(huán)境
conda create -n python2 python=2
這樣可以安裝python2環(huán)境，會裝上新的依賴包，創(chuàng)建新python2環(huán)境。安裝完成后，會提示如何啟動python2環(huán)境
conda activate python2
三 用conda安裝轉(zhuǎn)錄組分析軟件
-hisat2 samtools sratoolkit
-htseq-count
-fastqc trimmomatics
生信技能樹RNA-seq基礎傳送門需要的軟件，具體移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html
python3環(huán)境（base）
conda install fastqc trimmomatic（conda可以同時指定兩個軟件安裝）
biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索htseq-count軟件
注意要在python2環(huán)境下安裝htseq，先啟動python2環(huán)境
source activate python2
conda install htseq(/一定注意不能再當前環(huán)境python3安裝，要啟動python2環(huán)境！我不小心按了y，在python3安裝完成了，然后用conda install htseq卸載）
conda install htseq -y
啟動htseq-count
htseq-count
繼續(xù)搜索hisat2
回到python3環(huán)境安裝（base）
source deactivate
conda install hisat2
conda install hisat2 sra-tools -y #注意原視頻這里有點小錯誤，應該是sra-tools，不是sratoolskit
