前言
LTR_Finder是一款常見的LTR預(yù)測軟件，目前已不再更新維護(hù)，小編接下來簡單介紹該軟件的安裝與使用
下載安裝
wget https://github.com/xzhub/LTR_Finder/blob/master/build/LTR_FINDER.x86_64-1.0.7.tar.gz
tar -pzxvf LTR_FINDER.x86_64-1.0.7.tar.gz #解壓后可以直接使用
參數(shù)說明
./ltr_finder -h 可以查看詳細(xì)的參數(shù)說明，小編這里說明幾個重要參數(shù)的說明
-o Gap開罰分 （正整數(shù)），默認(rèn)3
-t Gap延伸罰分 （正整數(shù)），默認(rèn)1
-e Gap終點罰分 （正整數(shù)），默認(rèn)1
-m Match得分 （正整數(shù)），默認(rèn)2
-u unmatch得分 （負(fù)整數(shù)），默認(rèn)-2
-D 5'和3'LTR之間的最大距離 （正整數(shù)），默認(rèn)20000
-d 5'和3'LTR之間的最小距離 （正整數(shù)），默認(rèn)1000
-L 最大5'和3'LTR長度 （正整數(shù)），默認(rèn)3500
-l 最小5'和3'LTR長度 （正整數(shù)），默認(rèn)100
-g joined pairs間最大Gap （正整數(shù)），默認(rèn)50
-G RT子域之間的最大間隔（正整數(shù)），默認(rèn)2
-p 完全匹配的最小長度 （正整數(shù)），默認(rèn)20
-r 用于PBS檢測的最小匹配長度 （正整數(shù)）：默認(rèn)14, [1,18]
-s 通過使用哪個tRNA數(shù)據(jù)庫來預(yù)測PBS （文件名）
-a 使用ps_scan預(yù)測（目錄名）
-S 輸出分?jǐn)?shù)閾值 （整數(shù)），默認(rèn)6.00, [0,10]
-B 清晰度較高閾值 （0到1之間的小數(shù)），默認(rèn)0.400, [0,1]
-b 清晰度較低閾值 （0和1之間的小數(shù)），默認(rèn)0.400, [0,1]
-w 輸出格式 （0,1或2），[0]-full, 1-summary, 2-table
-O 輸出文件對齊方式長度的長度 （正整數(shù)），默認(rèn)40
-C 自動遮罩高度重復(fù)的區(qū)域
-F 信號狀態(tài)控制 （01字符串），默認(rèn)0：10000000000 5'-LTR must have TG
01000000000 5'-LTR must have CA
00100000000 3'-LTR must have TG
00010000000 3'-LTR must have CA
00001000000 TSR must be found
00000100000 PBS must be found
00000010000 PPT must be found
00000001000 RT domain muse be found
00000000100 Integrase core must be found
00000000010 Integrase c-term must be found
00000000001 RNase H must be found
示例
./ltr_finder -C -w 2 -s eukaryotic-tRNAs.fa genome.fa 1> ./genome.fa.ltr_finder 2>./genome.fa.log #-s指定了真核生物的tRNA數(shù)據(jù)庫，下載鏈接http://lowelab.ucsc.edu/GtRNAdb/download.html
