SnpSift 可以分割染色體，截取部分vcf文件。
具體使用方法見：
https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079138?spm=1001.2101.3001.6650.3&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-3-108079138-blog-108079137.pc_relevant_recovery_v2&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-3-108079138-blog-108079137.pc_relevant_recovery_v2&utm_relevant_index=6
但其安裝容易遇到Java版本問題。
可以新建一個conda 環(huán)境，然后安裝SnpSift
conda install -c bioconda snpsift
參考：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/476561285
使用方法：
zcat Chr9.SampleRename.maffiltered.vcf.gz | SnpSift filter "( POS > 123456 ) & ( POS < 654321 )" > filtered.vcf
zcat FinalSNP.SampleRename.maffiltered.Chr.vcf.gz | SnpSift intervals my_intervals.bed > LI.vcf
my_intervals.bed 格式
chr start end
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