乳腺癌病人的原位癌多點(diǎn)采樣測(cè)序看異質(zhì)性

于2015年發(fā)表在 Nature Medicine雜志，標(biāo)題是：Subclonal diversification of primary breast cancer revealed by multiregion sequencing 來自于：Cancer Genome Project, Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, UK.

對(duì)50個(gè)患者取了303個(gè)樣進(jìn)行測(cè)序，其中13個(gè)是WGS，剩余的290個(gè)取樣只是特定基因的捕獲測(cè)序。偏偏是沒有WES的數(shù)據(jù)。

To understand the subclonal structure of primary breast cancer, we applied whole-genome and targeted sequencing to multiple samples from each of 50 patients' tumors (303 samples in total).

這50個(gè)癌癥患者按照IHC分類是：

• 27 positive for estrogen receptor (ER) expression but negative for HER2 expression (ER+HER2?);
• 3 ER+HER2+;
• 20 negative for expression of ER, progesterone receptor (PgR) and HER2 ('triple negative'; ER?PgR?HER2? 也就是三陰性腺癌。

從時(shí)間上是先測(cè)12個(gè)病人，再測(cè)38個(gè)，隊(duì)列詳情如下；

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目標(biāo)基因捕獲測(cè)序

For 290 samples from the 50 cancers studied in both cohorts, we carried out high-coverage sequencing (mean, 166×) (Supplementary Table 2) of 360 known cancer genes, chosen from a review of published literature and including more than 40 genes recurrently mutated in breast cancer (Supplementary Table 3).

這些基因的挑選需要查閱文獻(xiàn)，歸納總結(jié)。而2016年的METABRIC計(jì)劃是捕獲173個(gè)基因，其實(shí)值得仔細(xì)理解看看他們選擇基因的標(biāo)準(zhǔn)。

全基因組測(cè)序

For 13 of these cancers we sequenced selected tumor samples (n = 29) and a matched constitutional DNA sample in each case to whole-genome level with an average depth of 40-fold。也是一個(gè)病人取多個(gè)樣本進(jìn)行WGS測(cè)序。

取樣方式如下；

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實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證全基因組測(cè)序得到的somatic事件：

• 2,217 of 2,235 (99%) substitutions and 18 of 19 (95%) insertion-deletions (indels) 是真的
• 1,567 of 1,778 (88%) structural variants using PCR or breakpoint-associated copy-number changes 也是真的。

數(shù)據(jù)上傳到了：EGAD00001000965 （331個(gè)捕獲測(cè)序）and EGAD00001000898. （42個(gè)WGS測(cè)序數(shù)據(jù)。）

其實(shí)這篇文章的數(shù)據(jù)分析部分太復(fù)雜，所以雖然文章發(fā)的比較早，但是買賬的人不多。

作者獨(dú)創(chuàng)的Coxcomb可視化

對(duì)13個(gè)病人的42個(gè)樣本的WGS數(shù)據(jù)分析表明，腫瘤異質(zhì)性在不同病人千差萬別。

主要分成3類；

首先是不同部位測(cè)序結(jié)果比較一致的病人：

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然后是局部亞克隆增多的病人：

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最后是混合模型：

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拷貝數(shù)變異

是很經(jīng)典的算法： ASCAT algorithm and used LogR and B-allele frequency values

腫瘤內(nèi)異質(zhì)性-TDS

看figures的時(shí)候注意一下縮略詞。

• IDCA, invasive ductal carcinoma;
• LOH, loss of heterozygosity;
• TN, triple negative;
• UPD, uniparental disomy;
• VAF, variant-allele frequency.

值得一提的是一作 Lucy R. Yates 在2017發(fā)了綜述說明這件事。

點(diǎn)突變和拷貝數(shù)變異的腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性

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不同癌癥患者的腫瘤部位多樣性差異很大

這些異質(zhì)性是獨(dú)立于一下臨床指標(biāo)，比如：

• histology
• ER expression status
• grade
• intratumoral lymphocyte infiltration
• tumor Ki-67 score

如下圖所示

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新輔助化療

其中18個(gè)病人有化療前后的ngs數(shù)據(jù)，其中：

• 6個(gè)病人是化療前后都有一樣的亞克隆
• 5個(gè)病人化療后增加了克隆
• 3個(gè)病人化療前后亞克隆不一樣

新輔助化療是指在實(shí)施局部治療方法（如手術(shù)或放療）前所做的全身化療，目的是使腫塊縮小、及早殺滅看不見的轉(zhuǎn)移細(xì)胞，以利于后續(xù)的手術(shù)、放療等治療。

結(jié)論是化療對(duì)突變影響比較小。

轉(zhuǎn)移的問題

其中2個(gè)病人測(cè)了轉(zhuǎn)移部位，作者試圖在一篇文章里面說明的事情太多太多，感覺想完全理解真的好難。

（文章轉(zhuǎn)自jimmy的2018年閱讀文獻(xiàn)筆記）

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