上一篇推文主要介紹了一下Multi-omics Hammer軟件的Aligment功能，本篇就接著上一篇推文繼續(xù)介紹如何使用該軟件進行fasta格式的整理和保守結(jié)構域（或可變剪切位點）的查找。
一?功能開發(fā)
與上一篇推文一樣，本推文也先介紹一下開發(fā)這些功能的初衷吧。遙想當年剛接觸fasta文件時，對這些格式懵懵懂懂。殊不知，這些文件所包含的信息貫穿整個學生生涯（也可能在以后的科研生涯）。然后，在使用這些文件進行數(shù)據(jù)分析的時候卻發(fā)現(xiàn)諸多不便，因此想要開發(fā)一些簡單的功能來解決這些問題。下面將依次介紹各個功能希望解決的痛點。
1.1 對于一個位于fasta文件中的A基因而言，如果它的序列片段有幾千bp，那么這些序列以fasta文件保存的時候就會被切分為許多行。這時如果需要檢索這個A基因是否包含幾百個bp的片段part1時，就需要人工將A基因被fasta格式切分成幾十段的序列拼接成一段。只是，這種操作繁瑣又無任何意義，因此就想是否能夠通過代碼實現(xiàn)這一簡單的不能再簡單的功能呢。于是就有了fa_to_primer_format功能的開發(fā)。
1.2 當然，許多軟件需要的文件格式為fasta格式。因此，同一遇到A基因，但是它的序列按照不同的長度被分割為數(shù)行，這時如何整理文件?？咳斯た梢酝瓿蓭讉€基因的操作，但是成千上萬的基因就無法實現(xiàn)了。這里提供一個小技巧，可以通過兩步實現(xiàn)fasta格式的整理。首先，將序列文件通過fa_to_primer_format功能整理成單行基因名單行序列的形式。隨后，通過primer_to_fa_format功能將文件格式整理成fasta格式。最后，該文件就可以用做其他軟件的輸入文件。
1.3 對于一個基因組文件而言，或許用戶需要查找其中的可變剪切位點或保守結(jié)構域part1（特定序列）。那么逐個基因依次查找會是一個方法，只是明顯不夠高效，于是便有sequence_verified功能的提出。
1.4 對于這個功能，可能是基于在之前實驗室的習慣吧。因為當時保存單個引物序列時通過下面這種格式（行數(shù)據(jù)：基因名{制表符}上游基因{制表符}下游基因）進行保存。只是這種保存方式，不利于后續(xù)對單個序列的特異性（Blast）進行檢測，因此便有了sangon功能，但是這一功能不具有普適性。
二?軟件調(diào)用
介紹完上述功能需要解決的問題，下面便介紹如何通過軟件完成相關分析。
2.1 我們需要先打開‘Primer’選項，如圖1所示。
那么，我們就可以看見我們的Primer對話框了（圖2）。這一對話框運算部分提供了三個選項。首先是‘is save’選項，這個選項是用來表明是否保存數(shù)據(jù)；其次是‘simple alig?’選項，這一選項則表明是否僅用對話框中呈現(xiàn)的數(shù)據(jù)進行運算（如果不勾選，則使用拖入到比對文件對話框的文件內(nèi)容進行運算）。需要注意的是對于一些童鞋而言，可能只是簡單看一下結(jié)果，沒有必要特意生成兩個文件（比對文件和背景文件）。因此，僅使用這個‘simple alig?’選項，我們可以將數(shù)據(jù)直接輸入到比對文件對話框和背景文件對話框中即可。注意：這兩個對話框如果直接將文件拖入，則會直接讀取文件的內(nèi)容，并展示前100行的數(shù)據(jù)。而結(jié)果文件對話框則只會顯示文件的路徑。因為，已經(jīng)提供了結(jié)果預覽部分。最后，最重要的選項就是‘start’選項了，點擊后即可直接進行運算。除了上述選項外，本軟件的其他界面部分也將以行為主進行逐一介紹。
Conversion方法：可以選擇fasta轉(zhuǎn)為primer格式（fa_to_primer_format）、primer轉(zhuǎn)為fasta格式（primer_to_fa_format）、生工引物轉(zhuǎn)換（sangon）和序列驗證（sequence_verified）。
輸入文件：需要統(tǒng)計的文件。
結(jié)果預覽：預覽輸出結(jié)果。
結(jié)果文件輸出：輸出結(jié)果的文件。
因為功能較為簡單，所以可選的選項也不多。
2.2 為了方便用戶了解這一功能，本軟件也提供了示例文件，通過點擊圖3的方框3的‘load test’選項即可加載示例數(shù)據(jù)，如方框4和方框5，均為加載示例文件的數(shù)據(jù)。隨后，點擊‘start’即可得出結(jié)果。
當然，用戶也可以直接將文件拖入進入相應的為對話框（輸入文件對話框）。如圖4所示，用戶可以直接將文件分別拖入到對話框中，軟件會自動識別并加載數(shù)據(jù)。
如果用戶想要切換方法，可以在Conversion方法部分下拉菜單中重新選擇。
2.3為方便用戶了解產(chǎn)生的結(jié)果文件，下面將以功能為單位，從輸入數(shù)據(jù)和結(jié)果數(shù)據(jù)兩個方面去展示各個功能。部分功能過于簡單，相信讀者可以直接從這兩組數(shù)據(jù)中得出結(jié)論，便不再贅述。
2.3.1 fasta轉(zhuǎn)為primer格式（fa_to_primer_format）
輸入數(shù)據(jù)為：
>TCONS_00003073 gene=XLOC_002970TATACATGTTATCATTGAGGGCTAAAACTTCAATGTCAGTGATTAGCAGTTTAGCATAGACTTATGTGGCAATATAATCCTTTGTTGTTTGCTCTCCCCATTTTTATAATAAGTATGAACTTACAAGGCTGCCCTAGAATTGTTCTTACAGGTTTTTGTTTACCGGTCATGGGCATCAGTTCGGGTTATGACAGCTGAACAGCGTGCTAAGCTCCTGAGGCGTATAGTGAAGGACAATGTACATGAAAAGCTTCCATTCAAAGAGTGTGAGAAGATTGCGAAGGATCTTAACCTGACCTTAGAGCAGGTGCTGCGTGTGTATTATGATAAGAAACGCCAGCGTCTTAATAGATCTCAGGGTGCTTTTATTGCCGACAGGGAGGAGCATCGATTGTTAAGGAATAAGTCCTCTCCATCGCCTCGAAAAAGAAAGAAGTCTTTAGAAGAAAGATCTGTAAAGCGTACAAGAGTTGATGCTGTAATTGGACAGCTGGTTGGGCAGAGGATTGCTACATCCCCTGATACTGCAAACAAATTTATAGAAGAACAAAATCCACACATATTAAATTTAGGAGAAGATGACTCTCATTTGCCTGGATGTGAGGAGGATGATCATCCAGAAACTGTTGAAGAGCCAGGACCAAATGAAGAAGATGAAGACTGCAATGCTTTACTTAGTCAGTGTGCCTTTCCAAATGTAAAGCGATCACGTCAAAAAAGATTTATGTGGACAGATGAAGCAGATAGGTAAA>TCONS_00003074 gene=XLOC_002971ATGTATTCTTCGGCTGGAAAGTGGGAGAAGGTGAAGGAATTGAGGATGTTTATGAAAGAGGAAGGAATCCAAACTACACCAGGTTGTAGTACGATTGAACTGAAAGGAGTGTTACATGAGTTTGTGGCGGATGATGTTTCACATCCGCGAAAGGATGAGATCTATGACATGCTGGATGAGATTAATCAGCAGCTCAAAATTGGTGGTTATGTTGCTGAAATAACATCTGAATTGCACAATTTGAGTGCTGAAGAAAAGGAGTATGTGCTCTCTTATCACAGTGAGAAGTTGGCCATTGCTTTTGGGGTACTTAAAACACCACCTGGCACAACTATACGAGTGGCTAAGAATCTGAGGACCTGTGTTGACTGTCATAATTTTGCTAAAGCTCTTTCAGAGGTATACAATAGACAAGTAATTATTAGGGATCGAGCGCGTTTTCATCATTTCCAAAACGGACGCTGCTCTTGTAATGACTATTGGTGA
結(jié)果數(shù)據(jù)為：
>TCONS_00003073 gene=XLOC_002970TATACATGTTATCATTGAGGGCTAAAACTTCAATGTCAGTGATTAGCAGTTTAGCATAGACTTATGTGGCAATATAATCCTTTGTTGTTTGCTCTCCCCATTTTTATAATAAGTATGAACTTACAAGGCTGCCCTAGAATTGTTCTTACAGGTTTTTGTTTACCGGTCATGGGCATCAGTTCGGGTTATGACAGCTGAACAGCGTGCTAAGCTCCTGAGGCGTATAGTGAAGGACAATGTACATGAAAAGCTTCCATTCAAAGAGTGTGAGAAGATTGCGAAGGATCTTAACCTGACCTTAGAGCAGGTGCTGCGTGTGTATTATGATAAGAAACGCCAGCGTCTTAATAGATCTCAGGGTGCTTTTATTGCCGACAGGGAGGAGCATCGATTGTTAAGGAATAAGTCCTCTCCATCGCCTCGAAAAAGAAAGAAGTCTTTAGAAGAAAGATCTGTAAAGCGTACAAGAGTTGATGCTGTAATTGGACAGCTGGTTGGGCAGAGGATTGCTACATCCCCTGATACTGCAAACAAATTTATAGAAGAACAAAATCCACACATATTAAATTTAGGAGAAGATGACTCTCATTTGCCTGGATGTGAGGAGGATGATCATCCAGAAACTGTTGAAGAGCCAGGACCAAATGAAGAAGATGAAGACTGCAATGCTTTACTTAGTCAGTGTGCCTTTCCAAATGTAAAGCGATCACGTCAAAAAAGATTTATGTGGACAGATGAAGCAGATAGGTAAA>TCONS_00003074 gene=XLOC_002971ATGTATTCTTCGGCTGGAAAGTGGGAGAAGGTGAAGGAATTGAGGATGTTTATGAAAGAGGAAGGAATCCAAACTACACCAGGTTGTAGTACGATTGAACTGAAAGGAGTGTTACATGAGTTTGTGGCGGATGATGTTTCACATCCGCGAAAGGATGAGATCTATGACATGCTGGATGAGATTAATCAGCAGCTCAAAATTGGTGGTTATGTTGCTGAAATAACATCTGAATTGCACAATTTGAGTGCTGAAGAAAAGGAGTATGTGCTCTCTTATCACAGTGAGAAGTTGGCCATTGCTTTTGGGGTACTTAAAACACCACCTGGCACAACTATACGAGTGGCTAAGAATCTGAGGACCTGTGTTGACTGTCATAATTTTGCTAAAGCTCTTTCAGAGGTATACAATAGACAAGTAATTATTAGGGATCGAGCGCGTTTTCATCATTTCCAAAACGGACGCTGCTCTTGTAATGACTATTGGTGA
2.3.2 primer轉(zhuǎn)為fasta格式（primer_to_fasta_format）
輸入數(shù)據(jù)為
>TCONS_00003073 gene=XLOC_002970TATACATGTTATCATTGAGGGCTAAAACTTCAATGTCAGTGATTAGCAGTTTAGCATAGACTTATGTGGCAATATAATCCTTTGTTGTTTGCTCTCCCCATTTTTATAATAAGTATGAACTTACAAGGCTGCCCTAGAATTGTTCTTACAGGTTTTTGTTTACCGGTCATGGGCATCAGTTCGGGTTATGACAGCTGAACAGCGTGCTAAGCTCCTGAGGCGTATAGTGAAGGACAATGTACATGAAAAGCTTCCATTCAAAGAGTGTGAGAAGATTGCGAAGGATCTTAACCTGACCTTAGAGCAGGTGCTGCGTGTGTATTATGATAAGAAACGCCAGCGTCTTAATAGATCTCAGGGTGCTTTTATTGCCGACAGGGAGGAGCATCGATTGTTAAGGAATAAGTCCTCTCCATCGCCTCGAAAAAGAAAGAAGTCTTTAGAAGAAAGATCTGTAAAGCGTACAAGAGTTGATGCTGTAATTGGACAGCTGGTTGGGCAGAGGATTGCTACATCCCCTGATACTGCAAACAAATTTATAGAAGAACAAAATCCACACATATTAAATTTAGGAGAAGATGACTCTCATTTGCCTGGATGTGAGGAGGATGATCATCCAGAAACTGTTGAAGAGCCAGGACCAAATGAAGAAGATGAAGACTGCAATGCTTTACTTAGTCAGTGTGCCTTTCCAAATGTAAAGCGATCACGTCAAAAAAGATTTATGTGGACAGATGAAGCAGATAGGTAAA>TCONS_00003074 gene=XLOC_002971ATGTATTCTTCGGCTGGAAAGTGGGAGAAGGTGAAGGAATTGAGGATGTTTATGAAAGAGGAAGGAATCCAAACTACACCAGGTTGTAGTACGATTGAACTGAAAGGAGTGTTACATGAGTTTGTGGCGGATGATGTTTCACATCCGCGAAAGGATGAGATCTATGACATGCTGGATGAGATTAATCAGCAGCTCAAAATTGGTGGTTATGTTGCTGAAATAACATCTGAATTGCACAATTTGAGTGCTGAAGAAAAGGAGTATGTGCTCTCTTATCACAGTGAGAAGTTGGCCATTGCTTTTGGGGTACTTAAAACACCACCTGGCACAACTATACGAGTGGCTAAGAATCTGAGGACCTGTGTTGACTGTCATAATTTTGCTAAAGCTCTTTCAGAGGTATACAATAGACAAGTAATTATTAGGGATCGAGCGCGTTTTCATCATTTCCAAAACGGACGCTGCTCTTGTAATGACTATTGGTGA
結(jié)果數(shù)據(jù)為：
>TCONS_00003073 gene=XLOC_002970TATACATGTTATCATTGAGGGCTAAAACTTCAATGTCAGTGATTAGCAGTTTAGCATAGACTTATGTGGCAATATAATCCTTTGTTGTTTGCTCTCCCCATTTTTATAATAAGTATGAACTTACAAGGCTGCCCTAGAATTGTTCTTACAGGTTTTTGTTTACCGGTCATGGGCATCAGTTCGGGTTATGACAGCTGAACAGCGTGCTAAGCTCCTGAGGCGTATAGTGAAGGACAATGTACATGAAAAGCTTCCATTCAAAGAGTGTGAGAAGATTGCGAAGGATCTTAACCTGACCTTAGAGCAGGTGCTGCGTGTGTATTATGATAAGAAACGCCAGCGTCTTAATAGATCTCAGGGTGCTTTTATTGCCGACAGGGAGGAGCATCGATTGTTAAGGAATAAGTCCTCTCCATCGCCTCGAAAAAGAAAGAAGTCTTTAGAAGAAAGATCTGTAAAGCGTACAAGAGTTGATGCTGTAATTGGACAGCTGGTTGGGCAGAGGATTGCTACATCCCCTGATACTGCAAACAAATTTATAGAAGAACAAAATCCACACATATTAAATTTAGGAGAAGATGACTCTCATTTGCCTGGATGTGAGGAGGATGATCATCCAGAAACTGTTGAAGAGCCAGGACCAAATGAAGAAGATGAAGACTGCAATGCTTTACTTAGTCAGTGTGCCTTTCCAAATGTAAAGCGATCACGTCAAAAAAGATTTATGTGGACAGATGAAGCAGATAGGTAAA>TCONS_00003074 gene=XLOC_002971ATGTATTCTTCGGCTGGAAAGTGGGAGAAGGTGAAGGAATTGAGGATGTTTATGAAAGAGGAAGGAATCCAAACTACACCAGGTTGTAGTACGATTGAACTGAAAGGAGTGTTACATGAGTTTGTGGCGGATGATGTTTCACATCCGCGAAAGGATGAGATCTATGACATGCTGGATGAGATTAATCAGCAGCTCAAAATTGGTGGTTATGTTGCTGAAATAACATCTGAATTGCACAATTTGAGTGCTGAAGAAAAGGAGTATGTGCTCTCTTATCACAGTGAGAAGTTGGCCATTGCTTTTGGGGTACTTAAAACACCACCTGGCACAACTATACGAGTGGCTAAGAATCTGAGGACCTGTGTTGACTGTCATAATTTTGCTAAAGCTCTTTCAGAGGTATACAATAGACAAGTAATTATTAGGGATCGAGCGCGTTTTCATCATTTCCAAAACGGACGCTGCTCTTGTAATGACTATTGGTGA
2.3.3生工引物轉(zhuǎn)換（sangon）
輸入數(shù)據(jù)為：
XLOC_002435_az101_t35' GGCGAAACAAGAAGCCACTT 3'5' GTCCCTTATCTCAGCAGCAAACT 3'
XLOC_004822_az102_t35' TGTGACATAAAAGAGTGAGGAAACC 3'5' AGCAACTGCCAAGCCAAAAC 3'
XLOC_008806_az104_t35'??CAAGGGAGACGGAGGGTATG??3'5'??AGGCCGCCATGAGACTAAAC??3'
結(jié)果數(shù)據(jù)為：
XLOC_002435_az101_t3_F5'? GGCGAAACAAGAAGCCACTT? 3'
XLOC_002435_az101_t3_R5'? GTCCCTTATCTCAGCAGCAAACT? 3'
XLOC_004822_az102_t3_F5'? TGTGACATAAAAGAGTGAGGAAACC? 3'
XLOC_004822_az102_t3_R5'? AGCAACTGCCAAGCCAAAAC? 3'
XLOC_008806_az104_t3_F5'? CAAGGGAGACGGAGGGTATG? 3'
XLOC_008806_az104_t3_R5'??AGGCCGCCATGAGACTAAAC??3'
2.3.4 序列驗證（sequence_verified）
輸入數(shù)據(jù)為：
abc
>as
ccabcaa
結(jié)果數(shù)據(jù)為：
>as T 1
這里需要簡單介紹一下這個功能的使用介紹。其中輸入數(shù)據(jù)的首行為需要進行檢索的可變剪切位點或者保守結(jié)構域，隨后的數(shù)據(jù)為單行基因名，單行基因序列的格式依次展現(xiàn)。結(jié)果數(shù)據(jù)為三列，第一列為基因名，第二列為邏輯值（T表示該基因有可變剪切位點或者保守結(jié)構域，F(xiàn)則表示無），第三列為檢索到的可變剪切位點或者保守結(jié)構域數(shù)量。
三 日常小結(jié)
通過上述步驟，即可實現(xiàn)通過fasta格式的文件進行一些簡單的操作。如果讀者覺得還有什么功能需要實現(xiàn)，也可直接通過公眾號留言。不過還是那句話，改進的進度可能要全憑本人時間安排，無法強求（因為主業(yè)更重要）。最后的最后，歡迎大家多用Multi-omics Hammer軟件，多提寶貴建議。也歡迎大家多關注公眾號（個人介紹）。
軟件下載地址：
