這里是佳奧！多一個工具多一種方法，除了R語言，下游分析的方法還有很多很多。
這里記錄一些我使用TBtools的心得。
1 、安裝
https://github.com/CJ-Chen/TBtools
2、手冊
https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i
3、熱圖
按住Alt水平或豎直方向移動
4、Fasta Tools——Fasta Stats .fq信息統(tǒng)計
5、Fasta Tools——Fasta Extract (Recommended) 根據(jù)ID提取序列
每次使用需要點(diǎn)擊Initialize初始化
6、Fasta Tools——Sequence Manipulate (Rev&Comp) 對序列進(jìn)行操作
顯示互補(bǔ)、反向、只看ID等
7、Fasta Tools——ID Simplify 簡化基因ID
8、ORF Prediction——Batch Translate CDS to Protein 根據(jù)CDS預(yù)測蛋白序列
Input/Output
9、ORF Prediction——Complete/Partial ORF Predict (Single Mode) 翻譯序列，單一序列
10、GFF3/GTF Manipulate——Gtf/Gff3 Sequence Extract 提取序列
Feature Tag：選取特征，CDS，exon，protein等
Up Stream Bases：選取上游2000bp序列提取
Retain Only UpStream or DownStream Bases：只保留上下游序列
11、BLAST GUI Wrapper——Blast Zone 本地比對
11.1 NCBI Genome下載參考基因組
比如擬南芥的：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/4
Arabidopsis thaliana (thale cress) Reference genome: Arabidopsis thaliana (assembly TAIR10.1)
[下載這里]Download sequences in FASTA format for genome, transcript, protein
Download genome annotation in GFF, GenBank or tabular format BLAST against Arabidopsis thaliana genome, transcript, protein
下載基因組和蛋白組文件
左下config設(shè)置路徑
+添加文件
-刪除文件
11.2 本地比對
選擇基因.fa序列
Paste Input/File Input
Output需要給文件命名：D:/TBtools/Result/1
選擇左側(cè)數(shù)據(jù)庫，Start
可視化 Visulize——Alignment Shower
根據(jù)ID找序列：右鍵數(shù)據(jù)庫 Fetch Sequences
一鍵建樹 Build a Phylo Tree
12、BLAST GUI Wrapper——Several Sequences to a Big File [Commonly Used] 序列比對參考基因組
Outfmt：Pairwise或默認(rèn)值BlastXML
Visualize：可視化結(jié)果
13、BLAST XML Visualize——Alignment View 比對XML格式文件
14、BLAST XML Visualize——Pileup Graph 檢測高通量數(shù)據(jù)覆蓋率
15、Gene Ontology——GO Enrichment 富集分析
需要：
go-basic.obo文件
注釋Background文件 一列基因ID，一列GO號
DEG差異基因列表
得到excel輸出文件
16、Common Tools——Enrichment Bar Plot GO/KEGG結(jié)果可視化
需要：
GO.Enrichment.final.xls
其他軟件得到的結(jié)果：Other
17、HeatMap llustrator——HeatMap 熱圖繪制
參數(shù)很多，多嘗試
還可添加行、列的group名
疊加熱圖：右鍵Panel Editor——Copy Panel——Paste Panel
18、HeatMap llustrator——Super HeatMap Browser——eFP Browser 熱圖疊加在解剖圖上
19、Venn and Upset Plot——Venn (Up to Six Sets) 韋恩圖
輸入.ids文件
Region Overlap Mode：查看區(qū)間之間交集
20、Venn and Upset Plot——UpSet Plot (Up to Any Sets)
21、Venn and Upset Plot——UpSet Plot (Batch) 直接拖入文件做交集
22、Advanced Circos
需要：
染色體長度文件：Chr1 23000 可用Fasta state提取染色體長度
Discrete Color Scheme Generator：輸入染色體長度文件，制作染色體著色文件
LinkRegion文件：共線性分析 Chr1 59560 63890 Chr1 26217 27221 240,240,240,1.0CRLF
GenePos文件：Chr1 ARF3 59560 63890 240,240,240CRLF
GeneDensity文件：Chr1 0 10000 26 繪制成基因密度熱圖/線條/柱形圖
QTLs文件：定位
HighLight文件：標(biāo)注，調(diào)整透明度
調(diào)整LinkPos
