2019.8.2
本文記錄了我今天跟著師姐做實(shí)驗(yàn)時(shí)遇到的科學(xué)問(wèn)題，需求已基本解決。
2020.4.21
發(fā)現(xiàn)了一個(gè)看起來(lái)不錯(cuò)的算法，見文末更新

科學(xué)問(wèn)題

在小鼠模型中，已知細(xì)胞A對(duì)細(xì)胞B的影響，希望找到一種細(xì)胞因子X(jué)，從而講這樣一個(gè)故事：

細(xì)胞A在T處理后大量分泌細(xì)胞因子X(jué)，X經(jīng)過(guò)循環(huán)到達(dá)細(xì)胞B附近，與細(xì)胞B表面的X因子受體結(jié)合，從而誘導(dǎo)細(xì)胞B產(chǎn)生P表型。

我要解決的問(wèn)題是：A細(xì)胞在T處理后，通過(guò)什么細(xì)胞因子誘導(dǎo)細(xì)胞B產(chǎn)生P表型？

簡(jiǎn)單一點(diǎn)說(shuō)，就是找到細(xì)胞A影響細(xì)胞B的機(jī)制，也就是找到細(xì)胞因子X(jué)。

解決方案

有這么幾種方法可能可以解決這個(gè)問(wèn)題：
1、對(duì)T處理和control的A細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，找RNA水平差異顯著的細(xì)胞因子。
2、對(duì)T處理和control的A細(xì)胞裂解后打質(zhì)譜，找蛋白水平差異顯著的細(xì)胞因子。
3、預(yù)測(cè)幾個(gè)最有可能的細(xì)胞因子，自己做實(shí)驗(yàn)看表達(dá)量差異。

當(dāng)前需求

由于前兩種組學(xué)方法都要送出去做，耗時(shí)至少一個(gè)月，在這期間我們想嘗試一下第三種思路。

于是就產(chǎn)生了一個(gè)新的需求：

如何查找細(xì)胞A分泌的細(xì)胞因子和細(xì)胞B表面的細(xì)胞因子受體，并預(yù)測(cè)它們之間可能存在的作用？

我的嘗試

谷歌搜索cytokine database，結(jié)果找到了很多很多數(shù)據(jù)庫(kù)。

由于數(shù)據(jù)庫(kù)太多了，我也不知道哪個(gè)好用，所以接下來(lái)可能要一個(gè)個(gè)點(diǎn)過(guò)去，做一些嘗試。

在朋友圈轉(zhuǎn)發(fā)了這條提問(wèn)帖之后，有位學(xué)姐給我指了一條明路：
Ligand receptor connectome

2020.4.21更新
最近看到，2019年12月9日Nature Methods報(bào)道了一種新的細(xì)胞間互作預(yù)測(cè)算法：NicheNet
https://www.nature.com/articles/s41592-019-0667-5
碼在這兒，有空學(xué)習(xí)一下。