背景

實驗室的服務(wù)器，操作系統(tǒng)：Ubuntu 16.04.6 LTS

生信里面很多包是基于R的，所以R不可不品嘗。
根據(jù)我們的管理習(xí)慣，服務(wù)器上預(yù)裝了R和一些基本的包，用戶只需要在自己的目錄下面安裝一些額外要用的包就足夠了。預(yù)裝的R信息如下：

# R path
"/usr/bin/R"
# basic libraries
"/usr/local/lib/R/site-library"
"/usr/lib/R/site-library"
"/usr/lib/R/library"

版本為R version 4.2.0 (2022-04-22) -- "Vigorous Calisthenics"。

第一次嘗試

一切順利的話很簡單，在自己目錄下建立lib文件夾并且加入環(huán)境變量：

# create lib dir
mkdir $HOME/R_lib
# add to libpath (write into ~/.*rc file)
export R_LIBS_USER="$HOME/R_lib:$R_LIBS_USER"

然后就可以快樂的進入R并且安裝相應(yīng)的包了，我安裝了BiocManager，devtools以及單細(xì)胞分析最常用的Seurat。其中安裝BiocManager和devtools的時候會要求更新，我都一律更新了（但是非必要，因為/usr下預(yù)裝的包很多，全部更新需要很久）

install.packages("BiocManager")
# update to R 4.2-compatible version
BiocManager::install(version="3.16")

install.packages("devtools")
install.packages("Seurat")

So long so good. 但是事情在我要用到nichenet的時候發(fā)生了變化。這個包依賴于caret，which做一些統(tǒng)計學(xué)習(xí)任務(wù)，是比較基本的包。這個包依賴clock，which大概是一個更基本的包。然而它compile失敗了。

僅使用Conda+R？

第二個方案是使用Conda配置R環(huán)境，詳見Conda搭建R環(huán)境避坑指南. 簡而言之，利用以下命令可以裝好caret：

conda create -n R4.2.0 -c conda-forge r-base=4.2.0 r-essentials

但是在這之上安裝devtools的嘗試遇到了慘烈的失敗，直接給我報了三十多個錯ORZ。不靠譜?。?/strong>

export R_LIBS_USER="$HOME/miniconda3/envs/R4.2.0/lib/R/library:$R_LIBS_USER"
export R_LIBS_USER="$HOME/R_lib:$R_LIBS_USER"