最近在安裝SNPhylo軟件的過程中，本人踩了好多坑，最終經(jīng)過不斷查閱資料和實踐，終于將SNPhylo軟件安裝好了?，F(xiàn)在整理步驟如下：

1.創(chuàng)建安裝環(huán)境

Python 2.7? ?R4.0.2?

注意：Snphylo的python環(huán)境需要2.7，因為其腳本語言一部分是用python2寫的，如果是python3，其在運行會報錯，R需要版本為4.0以后，因為隨著R版本的更新，R包也會更新（本人在這一部分吃到很多虧）

2.利用conda安裝R4.0版本

因為conda目前安裝r-base最新版本是3.6.2，我在這一步安裝其他R依賴包會出現(xiàn) had non-zero exit status 錯誤，經(jīng)過查閱資料，發(fā)現(xiàn)這個問題的解決方法是要安裝R4.0以后的版本，coda安裝4.0版本的方法：

conda create --name r4-base

conda activate r4-base

conda install -c conda-forge r-base

conda activate r4-base

此時輸入R，則可以看到此時R版本為最新版本

安裝最新版本R

3.安裝SNPhylo腳本所依賴的R包

注意（最新版本安裝這些R包不是用以前的安裝方式:install.packages(" ")，而是用一個工具BiocManager，該軟件安裝說明網(wǎng)址：https://bioconductor.org/install/

安裝代碼

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install()

BiocManager::install(c("getopt", "gdsfmt","SNPRelate","ape","phangorn"))#安裝SNPhylo軟件依賴的R包

安裝完畢之后，進入該軟件目錄，執(zhí)行bash命令，該軟件會進入安裝向?qū)?，如果軟件環(huán)境全部裝好，按確認即可

sh setup.sh

或者自己在snphylo.cfg 文件填寫自己安裝軟件的路徑

安裝向?qū)瓿珊笊傻呐渲梦募?/div>

4.運行其示例文件即可得到結(jié)果

運行過程1

運行過程2

從運行結(jié)果

結(jié)果文件

以上就是安裝SNPhylo軟件的基本過程，為了防止遺忘，故整理資料記錄下安裝過程，以供大家參考。