#2020.2.3 R語言|Practice3

今日學(xué)習(xí)內(nèi)容一覽

一、Jimmy 生信技能樹B站P10-P13（課上積累）

二、今日學(xué)徒任務(wù)(待續(xù))

三、TCGA數(shù)據(jù)的差異分析學(xué)習(xí)

二、今日學(xué)徒任務(wù)（已完成差異分析和生存分析）

• 使用網(wǎng)頁工具UCSC Xena下載TCGA數(shù)據(jù)并制作差異分析箱線圖

  使用原始數(shù)據(jù)點擊網(wǎng)頁上的差異分析圖標(biāo)進行制作：

  
  
  差異分析.png

去掉Metastatic和Recurrent Tumor兩個不相干的類型得到：

差異分析2.jpeg

• 使用網(wǎng)頁工具UCSC Xena進行生存分析

1. Launch Xena

2. Search for a study

   (填寫相應(yīng)感興趣的癌癥類型:TCGA Colon and Rectal Cancer (COADREAD))

3. First variable(篩選變量1)

   Select Phenotypic- sample_type

   Add gene

   （在輸入框中填寫相應(yīng)感興趣的基因:APOC1)

   Select Genomic-gene expression RNAseq-illuminaHiSeq

   經(jīng)歷三個ABC篩選塊后可以得到如下圖所示界面：

   篩選前.png

因為對于生存分析我們只關(guān)心Primary Tumor病例樣本，所以我們需要把其他類型都過濾掉。

篩選前，一共有736個樣本：

736.png

第一次篩選——!=null

第一次篩選后，還剩434個樣本：

434.png

第二次篩選：!=Recurrent Tumor

第二次篩選后，還剩380個樣本：

WeChat9880877d6fe5d228090eba78b729ab05.png

和篩選前相比 可以看到sample_type只剩下Primary Tumor

篩選后.png

使用此時的數(shù)據(jù)繪制生存分析

OS(Overall survival)

overall survival.jpeg

DFI(Disease free interval)

disease free survival.jpeg

• 使用網(wǎng)頁工具Oncolnc繪制生存分析（KM）圖表
  1. 首先選擇感興趣的基因
  2. 其次選擇感興趣的癌癥
  3. 填寫高表達量和低表達量的相應(yīng)百分比

  4. 得到生存分析圖：

     
     
     on.jpeg