#安裝
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggtree")

接著，我們需要準(zhǔn)備好樹文件和分組文件。
樹文件就是我們通過Treebest、PAML、RAxML等工具獲得的結(jié)果。
分組文件的格式如下：

sample  group
ID  A
ID1  A
ID2  B
ID3  B

美化樹

# 加載R包
library("ggtree")
# 讀取樹文件（ggtree針對(duì)不同工具生成的樹文件有不同的函數(shù)進(jìn)行讀取，如沒有對(duì)應(yīng)的函數(shù)，可以使用通用的辦法讀取）
tree <- read.tree("file.tree")
# 讀取分組信息
group_file <- read.table("group_file.txt",header = T,row.names = 1)
# 按類分組
groupInfo <- split(row.names(group_file), group_file$Group)
# 將分組信息添加到樹中
tree <- groupOTU(tree, groupInfo)
# 繪制進(jìn)化樹
ggtree(tree, layout="fan", ladderize = FALSE, branch.length = "none",aes(color=group)) + geom_tiplab2(size=3) + theme(legend.position = "right")