1. 文件配置（mapfile+run.sh）
1.1 配置mapfile
#rna_fastq_ID rna_datapath rna_sample_name
LC211013006X1 /fastqs/rna_dir sample1
LC211013006X2 /fastqs/rna_dir sample1
LC211013007X1 /fastqs/rna_dir sample2
# 第一列 rna_fastq_ID：對(duì)應(yīng)fastq文件的名稱(chēng)前綴
# 第二列 rna_datapath：對(duì)應(yīng)fastq文件的路徑
# 第三列 rna_sample_name：對(duì)應(yīng)質(zhì)控報(bào)告的名稱(chēng)
# example：這里的sample1對(duì)應(yīng)兩個(gè)文庫(kù)數(shù)據(jù)（LC211013006X1+LC211013006X2），如此記錄可以完成整合分析
fastq文件示例：
- 生成name為 “sample1”的質(zhì)控報(bào)告：LC211013006X1、LC211013006X2對(duì)應(yīng) “sample1” 的測(cè)序數(shù)據(jù)
-
生成name為“sample2”的質(zhì)控報(bào)告：LC211013007X1 對(duì)應(yīng) “sample2” 的測(cè)序數(shù)據(jù)
fastq文件
1.2 編輯運(yùn)行腳本run.sh
multi_rna \
--mapfile ./mapfile\
--genomeDir ./ensembl_99\ #參考基因組的路徑
--outdir .\ #輸出到當(dāng)前文件夾
--thread 8 #配置線(xiàn)程數(shù)
--starMem 30\ #配置star所需內(nèi)存
--mod shell\ #這里通過(guò)shell腳本的方式運(yùn)行
--gzip #生成的clean_reads為 fq.gz 形式
2. 生成“命令文件”
（1）激活celescope的環(huán)境conda activate celescope
（2）運(yùn)行run.sh sh run.sh
很快運(yùn)行完成，主要生成一個(gè)shell文件夾，其中會(huì)有一個(gè)以sample1命名的shell腳本
sample1.sh的每行指令：對(duì)應(yīng)每一步分析（質(zhì)控報(bào)告的每一部分?jǐn)?shù)據(jù)）
sample1.sh對(duì)應(yīng)指控報(bào)告
3. 投遞“命令文件”
sh sample1.sh
最終生成如下一系列數(shù)據(jù)和最終的html質(zhì)控報(bào)告
分析結(jié)果
postscripts：github詳細(xì)的指導(dǎo)鏈接點(diǎn)擊這里
