> library(oligo)

載入需要的程輯包：BiocGenerics

載入需要的程輯包：parallel

載入程輯包：‘BiocGenerics’

載入需要的程輯包：oligoClasses

Error: package or namespace load failed for ‘oligoClasses’:

'namespace:ff'沒有出口‘open.ff’, ‘close.ff’這個(gè)對(duì)象

錯(cuò)誤: 無(wú)法載入程輯包‘oligoClasses’

Oligo和Affy一樣是處理芯片數(shù)據(jù)的包，可以讀取CEL文件進(jìn)行rma或者mas5標(biāo)準(zhǔn)化。在最近安裝Oligo包之后出現(xiàn)上述報(bào)錯(cuò)

報(bào)錯(cuò)原因：Oligo的依賴包OligoClasses的依賴包ff（此處套娃）在今年7月份更新了一次，從version 2.2-14升級(jí)到version 4.0.4，更新之后ff包內(nèi)open.ff和close.ff兩個(gè)函數(shù)，更名為open和close。但是Oligo和OligoClasses并沒有及時(shí)更新，調(diào)用的依舊是open.ff和close.ff兩個(gè)函數(shù)名，因此會(huì)顯示無(wú)法調(diào)用這兩個(gè)函數(shù)（沒有出口這兩個(gè)對(duì)象）。

解決辦法：卸載ff 4.0.4, 安裝舊版本ff即可解決。代碼如下：

remove.packages('ff')

require(devtools)

install_version("ff", version = "2.2-14", repos = "http://cran.us.r-project.org")

此處可能再次報(bào)錯(cuò)：

Error： package or namespace load failed for 'ff': .onLoad failed in loadNamespace() for 'ff',details: call: .Call("getpagesize", PACKAGE = "ff")

error:程序包"ff"里"getpagesize"不適用于.Call()

這是因?yàn)槲覀兲崆鞍惭b并加載了依賴ff的OligoClasses以及Oligo，建議重啟R之后再運(yùn)行上述代碼，

再次加載Oligo，可以正常使用。