? ? ? ?在學習R的時候，R的包眾多，很多時候?qū)τ诔鯇W者會造成很大的困擾就是不知道用什么樣的包比較合適。我會在不斷使用R的過程中，進行使用同時結(jié)合使用體驗為大家推薦合適的R包。避免重復學習，以節(jié)約時間。
lastupdate：2019來來10月15日
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? ? ? ? 標了【精】的是需要重點研究和掌握的包。
1、數(shù)據(jù)導入
以下R包主要用于數(shù)據(jù)導入和保存數(shù)據(jù)
feather：一種快速，輕量級的文件格式。在R和python上都可使用
【精】readr：實現(xiàn)表格數(shù)據(jù)的快速導入。https://readr.tidyverse.org
readxl：讀取Microsoft Excel電子表格數(shù)據(jù)
openxlsx：讀取Microsoft Excel電子表格數(shù)據(jù)
googlesheets：讀取google電子表格數(shù)據(jù)
haven：讀取SAS，SPSS和Stata統(tǒng)計軟件格式的數(shù)據(jù)
httr：從網(wǎng)站開放的API中讀取數(shù)據(jù)，httr也是Hadley大神的作品之一。官方簡介
rvest：網(wǎng)頁數(shù)據(jù)抓取包
xml2：讀取HTML和XML格式數(shù)據(jù)
Rselenium：Selenium也是一個用于Web應用程序測試的工具，Selenium測試直接運行在瀏覽器中，就像真正的用戶在操作一樣。RSelenium是通過調(diào)用Selenium Sever來模擬瀏覽器環(huán)境，實現(xiàn)爬蟲功能。官方網(wǎng)址
webreadr：讀取常見的Web日志格式數(shù)據(jù)
DBI：數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)通用接口包
RMySQL：用于連接MySQL數(shù)據(jù)庫的R包
RPostgres：用于連接PostgreSQL數(shù)據(jù)庫的R包
ROracle：連接Oracle數(shù)據(jù)庫的R包，依賴于DBI包，詳見
bigrquery用于連接Google BigQuery的R包
PivotalR：用于讀取Pivitol（Greenplum）和HAWQ數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)
dplyr：提供了一個訪問常見數(shù)據(jù)庫的接口
data.table：data.table包的fread()函數(shù)可以快速讀取大數(shù)據(jù)集
git2r：用于訪問git倉庫
rlist：處理list數(shù)據(jù)的包?介紹
2、數(shù)據(jù)整理
以下R包主要用于數(shù)據(jù)整理，以便于你后續(xù)建模分析：
【精】tidyr：用于整理表格數(shù)據(jù)的布局
【精】dplyr：用于將多個數(shù)據(jù)表連接成一個整齊的數(shù)據(jù)集
purrr：函數(shù)式編程工具，在做數(shù)據(jù)整理時非常有用。
broom：用于將統(tǒng)計模型的結(jié)果整理成數(shù)據(jù)框形式
zoo：定義了一個名zoo的S3類型對象，用于描述規(guī)則的和不規(guī)則的有序的時間序列數(shù)據(jù)。
3、文本處理
cidian：字典轉(zhuǎn)換工具 , github地址。
4、數(shù)據(jù)可視化
以下R包用于數(shù)據(jù)可視化：
【精】ggplot2及其擴展：ggplot2包提供了一個強大的繪圖系統(tǒng)，并實現(xiàn)了以下擴展
ggthemes：提供擴展的圖形風格主題
ggmap：提供Google Maps，Open Street Maps等流行的在線地圖服務模塊
ggiraph：繪制交互式的ggplot圖形
ggstance：實現(xiàn)常見圖形的橫向版本
GGally：繪制散點圖矩陣
ggalt：添加額外的坐標軸，geoms等
【精】ggpubr: 生成雜志期刊等出版物的圖形的包，是ggplot的一個補充。
ggforce：添加額外geoms等
ggrepel：用于避免圖形標簽重疊,美化ggplot；
ggraph：用于繪制網(wǎng)絡狀、樹狀等特定形狀的圖形,用于繪制網(wǎng)絡圖等；
ggpmisc：光生物學相關擴展
geomnet：繪制網(wǎng)絡狀圖形
ggExtra：繪制圖形的邊界直方圖
gganimate：繪制動畫圖
plotROC：繪制交互式ROC曲線圖
ggspectra：繪制光譜圖
ggnetwork：網(wǎng)絡狀圖形的geoms
ggradar：繪制雷達圖
ggTimeSeries：時間序列數(shù)據(jù)可視化
ggtree：樹圖可視化
ggseas：季節(jié)調(diào)整工具
lattice：生成柵欄圖
rgl：交互式3D繪圖
ggvis：交互式圖表多功能系統(tǒng)
htmlwidgets：一個專為R語言打造的可視化JS庫，R的js接口，可以通過它打通R代碼和JS庫之間的通道，使R可以輕松使用豐富的JS庫。
leaflet：繪制交互式地圖
dygraphs：繪制交互式時間序列圖，利用htmlwidgets開發(fā)的時間序列交互圖形RStudio出品。
plotly：交互式繪圖包，中文介紹詳見這里
rbokeh：用于創(chuàng)建交互式圖表和地圖，中文介紹
Highcharter：繪制交互式Highcharts圖
visNetwork：繪制交互式網(wǎng)狀圖
networkD3：繪制交互式網(wǎng)狀圖
d3heatmap：繪制交互式熱力圖，中文介紹
DT：用于創(chuàng)建交互式表格
threejs：繪制交互式3d圖形和地球儀
rglwidget：繪制交互式3d圖形
DiagrammeR：繪制交互式圖表
MetricsGraphics：繪制交互式MetricsGraphics圖
rCharts：提供了對多個javascript數(shù)據(jù)可視化庫（highcharts/nvd3/polychart）的R封裝。
recharts:Recharts是百度echarts的接口封裝，目前有recharts，echartr等。ECharts，一個使用 JavaScript 實現(xiàn)的開源可視化庫，可以流暢的運行在 PC 和移動設備上，兼容當前絕大部分瀏覽器（IE8/9/10/11，Chrome，F(xiàn)irefox，Safari等），底層依賴輕量級的矢量圖形庫?ZRender，提供直觀，交互豐富，可高度個性化定制的數(shù)據(jù)可視化圖表。
coefplot：可視化統(tǒng)計模型結(jié)果
【精】quantmod：可視化金融圖表
colorspace：基于HSL的調(diào)色板
viridis：Matplotlib viridis調(diào)色板
munsell：Munsell調(diào)色板
RColorBrewer：圖形調(diào)色板
igraph：用于網(wǎng)絡分析和可視化，分析網(wǎng)絡圖；
tidygraph:用于網(wǎng)絡分析的圖形化工具，分析網(wǎng)絡圖等。github地址
latticeExtra：lattice繪圖系統(tǒng)擴展包
sp：空間數(shù)據(jù)工具；
【精】Complexheatmap:bioconductor出品的熱圖繪制工具，目前是我用過的最好用的熱圖繪制工具;
5、數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
以下R包用于將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為新的數(shù)據(jù)類型
dplyr：一個用于高效數(shù)據(jù)清理的R包。視頻學習課程
magrittr：一個高效的管道操作工具包。
tibble：高效的顯示表格數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)
stringr：一個字符串處理工具集
lubridate：用于處理日期時間數(shù)據(jù)
xts：xts是對時間序列數(shù)據(jù)(zoo)的一種擴展實現(xiàn)，提供了時間序列的操作接口。
data.table：用于快速處理大數(shù)據(jù)集
vtreat：一個對預測模型進行變量預處理的工具
stringi：一個快速字符串處理工具
Matrix：著名的稀疏矩陣包
6、統(tǒng)計建模與推斷
下述R包是統(tǒng)計建模最常用的幾個R包，其中的一些R包適用于多個主題。
car：提供了大量的增強版的擬合和評價回歸模型的函數(shù)。
Hmisc：提供各種用于數(shù)據(jù)分析的函數(shù)
multcomp：參數(shù)模型中的常見線性假設的同時檢驗和置信區(qū)間計算，包括線性、廣義線性、線性混合效應和生存模型。
pbkrtest用于線性混合效應模型的參數(shù)Bootstrap檢驗
MatrixModels：用于稠密矩陣和稀疏矩陣建模
mvtnorm：用于計算多元正態(tài)分布和t分布的概率，分位數(shù)，隨機偏差等
SparseM：用于稀疏矩陣的基本線性代數(shù)運算
lme4：利用C++矩陣庫 Eigen進行線性混合效應模型的計算。
broom：將統(tǒng)計模型結(jié)果整理成數(shù)據(jù)框形式
caret：一個用于解決分類和回歸問題的數(shù)據(jù)訓練綜合工具包
glmnet：通過極大懲罰似然來擬合廣義線性模型
gbm：用于實現(xiàn)隨機梯度提升算法
xgboost：全稱是eXtreme Gradient Boosting。是Gradient Boosting Machine的一個c++實現(xiàn)。目前已制作了xgboost工具的R語言接口。詳見統(tǒng)計之都的一篇介紹
randomForest：提供了用隨機森林做回歸和分類的函數(shù)
ranger：用于隨機森林算法的快速實現(xiàn)
h2o：H2O是0xdata的旗艦產(chǎn)品，是一款核心數(shù)據(jù)分析平臺。它的一部分是由R語言編寫的，另一部分是由Java和Python語言編寫的。用戶可以部署H2O的R程序安裝包，之后就可以在R語言環(huán)境下運行了。
ROCR：通過繪圖來可視化分類器的綜合性能。
pROC：用于可視化，平滑和對比ROC曲線
7、機器學習
H2O：H2O是開源的機器學習算法包；
factoextra：多變量分析以及其圖形化；Factoextra R Package: Easy Multivariate Data Analyses and Elegant Visualization - Easy Guides - Wiki - STHDA
Rstan:Stan概率編程語言的R語言接口，stan的數(shù)學庫提供了可微的概率函數(shù)和線性代數(shù)(C ++ autodiff)，R包中還提供了基于表達式的線性建模，后驗概率可視化和留一法交叉驗證。
8、溝通交流
以下R包用于實現(xiàn)數(shù)據(jù)科學結(jié)果的自動化報告，以便于你跟人們進行溝通交流。
rmarkdown ：用于創(chuàng)建可重復性報告和動態(tài)文檔
knitr：用于在PDF和HTML文檔中嵌入R代碼塊
flexdashboard：基于rmarkdown，可以輕松的創(chuàng)建儀表盤
bookdown：以R Markdown為基礎，用于創(chuàng)作書籍和長篇文檔
rticles：提供了一套R Markdown模板
tufte：用于實現(xiàn)Tufte講義風格的R Markdown模板
DT：用于創(chuàng)建交互式的數(shù)據(jù)表
pixiedust：用于自定義數(shù)據(jù)表的輸出
xtable：用于自定義數(shù)據(jù)表的輸出
highr：用于實現(xiàn)R代碼的LaTeX或HTML格式輸出
formatR：通過tidy_source函數(shù)格式化R代碼的輸出
yaml：用于實現(xiàn)R數(shù)據(jù)與YAML格式數(shù)據(jù)之間的通信。
9、自動化分析
以下R包用于創(chuàng)建自動化分析結(jié)果的數(shù)據(jù)科學產(chǎn)品：
shiny：一個使用R語言開發(fā)交互式web應用程序的工具。中文教程
shinydashboard：用于創(chuàng)建交互式儀表盤
shinythemes：給出了Shiny應用程序的常用風格主題
shinyAce：為Shiny應用程序開發(fā)者提供Ace代碼編輯器。
shinyjs：用于在Shiny應用程序中執(zhí)行常見的JavaScript操作
miniUI：提供了一個UI小部件，用于在R命令行中集成交互式應用程序
shinyapps.io：為創(chuàng)建的Shiny應用程序提供托管服務
Shiny Server Open Source：為Shiny應用程序提供開源免費的服務器
Shiny Server Pro：為企業(yè)級用戶提供一個Shiny應用程序服務器
rsconnect：用于將Shiny應用程序部署到shinyapps.io
plumber：由Rstudio開發(fā)，用于將R代碼轉(zhuǎn)化為一個web API,供其他應用訪問，可以用R快速構(gòu)建web應用。官方地址：https://www.rplumber.io
rmarkdown：用于創(chuàng)建可重復性報告和動態(tài)文檔
rstudioapi：用于安全地訪問RStudio IDE的API
10、程序開發(fā)
以下這些包主要用于開發(fā)自定義的R包：
【精】RStudio Desktop IDE：R的IDE。大家都懂，不用解釋。
RStudio Server Open Source：開源免費的RStudio服務器
RStudio Server Professional：商業(yè)版RStudio服務器
devtools：一個讓開發(fā)R包變得簡單的工具集
packrat：創(chuàng)建項目的特定庫，用于處理包的版本問題，增強代碼重現(xiàn)能力。
drat：一個用于創(chuàng)建和使用備選R包庫的工具
testthat：單元測試，讓R包穩(wěn)定、健壯，減少升級的痛苦。
roxygen2：通過注釋的方式，生成文檔，遠離Latex的煩惱。
purrr：一個用于 提供函數(shù)式編程方法的工具
profvis：用于可視化R代碼的性能分析數(shù)據(jù)
Rcpp：用于實現(xiàn)R與C++的無縫整合。詳見統(tǒng)計之都文章
R6：R6是R語言的一個面向?qū)ο蟮腞包，可以更加高效的構(gòu)建面向?qū)ο笙到y(tǒng)。
htmltools：用于生成HTML格式輸出
nloptr：提供了一個NLopt非線性優(yōu)化庫的接口
minqa：一個二次近似的優(yōu)化算法包
rngtools：一個用于處理隨機數(shù)生成器的實用工具
NMF：提供了一個執(zhí)行非負矩陣分解的算法和框架
crayon：用于在輸出終端添加顏色
RJSONIO：rjson是一個R語言與json進行轉(zhuǎn)的包，是一個非常簡單的包，支持用 C類庫轉(zhuǎn)型和R語言本身轉(zhuǎn)型兩種方式。
jsonlite：用于實現(xiàn)R語言與json數(shù)據(jù)格式之間的轉(zhuǎn)化
RcppArmadillo：提供了一個Armadillo C++ Library（一種C++的線性代數(shù)庫）的接口
11、實驗數(shù)據(jù)
以下R包給出了案例實戰(zhàn)過程中可用的訓練數(shù)據(jù)集：
babynames：包含由美國社會保障局提供的三個數(shù)據(jù)集
neiss：2009-2014年期間提供給美國急診室的所有事故報告樣本數(shù)據(jù)
yrbss：美國疾病控制中心2009-2013年期間青年危險行為監(jiān)測系統(tǒng)數(shù)據(jù)
hflights：
USAboundaries：2011年全年休斯頓機場的所有航班數(shù)據(jù)
rworldmap：國家邊界數(shù)據(jù)
usdanutrients：美國農(nóng)業(yè)部營養(yǎng)數(shù)據(jù)庫
fueleconomy：美國環(huán)保署1984-2015年期間的燃油經(jīng)濟數(shù)據(jù)
nasaweather：包含了一個覆蓋中美洲的非常粗糙的24*24格地理位置和大氣測量數(shù)據(jù)。
mexico-mortality：墨西哥死亡人數(shù)數(shù)據(jù)
data-movies和ggplotmovies：來自互聯(lián)網(wǎng)電影數(shù)據(jù)庫imdb.com的數(shù)據(jù)
pop-flows：2008年全美人口流動數(shù)據(jù)
data-housing-crisis：經(jīng)過清洗后的2008美國房地產(chǎn)危機數(shù)據(jù)
gun-sales：紐約時報提供的有關槍支購買的每月背景調(diào)查統(tǒng)計分析數(shù)據(jù)
stationaRy：從成千上萬個全球站點收集到的每小時氣象數(shù)據(jù)
gapminder：摘自Gapminder的數(shù)據(jù)
janeaustenr：簡·奧斯丁小說全集數(shù)據(jù)
參考
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